在学科建设方面，生科院现拥有生物学一级学科和海洋生物学二级学科博士点，及生物物理学、生化与分子生物学两个具有明显优势的国家重点学科，2007年新增发育生物学国家重点学科。现有蛋白质科学、生物信息学两个教育部重点实验室、蛋白质药物北京市重点实验室、抗肿瘤药物国家工程研究实验室和生物膜与膜生物工程国家重点实验室（合建）。在结构生物学、发育生物学、细胞生物学、神经生物学、分子免疫学、植物基因工程、生物材料和蛋白质药物等学科方向均取得了显著进展，为生科院的腾飞奠定了基础。生科院始终将研究生和本科生的培养视为工作中的重中之重。坚持教授上讲台，注重教学与科研相结合、理论与实践相结合，努力培养高素质的优秀人才。
生科院作为“全国理科(生物学)基础科学人才培养基地”和“国家生命科学与生物技术人才培养基地”，多次被评为优秀基地；先后荣获多项北京市和国家级教学成果奖；在全国首批入选国家级实验教学示范中心。
一大批清华生科院的青年学子已学有所成，活跃在国内外科研、教学、管理岗位及生物技术产业，其中许多人做出了令国内外关注的成绩。
