但是，即使在同一种族的人群或同一区域的人群中，这种连锁仍是不完全的。这主要表现在两个方面：第一，某一RFLP单体型与某一突变基因相连锁，但在正常人中也能找到相同的单体型。因此，应用单体型就不能肯定地说某一个体是否存在该突变基因。但是，即使在同一种族的人群中或同一区域中的人群中，这种连锁也不相同。因此,应用单体型就不能肯定地说某一个体是否存在该突变基因。第二、同一种突变也可以和几种单位型相关联。对于这两个情况，为了进行产前诊断，可以先通过家系调查，确定在该家系中某种单体型确与某种突变基因相关联后，再检测胎儿的单体型来确定该胎儿是还含有这种突变基因。但有时通过家系调查也无法确定某种单体型是否与某种突变相连锁，这时，就无法对其胎儿作出正确的判断。这也是RFLP用于诊断的缺点所在。取决于所用探针的核心序列（即重复序列中的重复单位）。目前所用的探针有两种，即探针33.15。其核心序列为AGAGGTGGGCAGGTGG,和33.6，即AGGGCTGGAGG。这就是说这两种序列在人体基因组中不同的位置上分别重复不同的次数，而在不同个体的基因组中，对应位置上这两种核心序列的重复次数也不相同。这样用这两种探针之一与合适的酶切割的人体基因组DNA片段杂交，在不同的个体将得到不同的DNA指纹，而且探针33.5的DNA指纹图也不相同。DNA指纹具有细胞稳定性和种系稳定性，是按孟德尔规律遗传的，而且杂合性高。杂合性可以这样来理解，对于由点突变引起的RFLP，就某一个多态性切点来说只有两种多态性，即切点有（+）或切点无（-）。而对由于高变区重复片段长度不同所引起的RFLP来说，在基因组上某一个位置核心序列的重复次数在不同的个体不一样，比如在个体A为10个拷贝，个体B为15个拷贝，而个体C又可能为18个拷贝等等。因此，在不同个体同一个相应位置上核心序列的重复次数就是多态的，而不是双态的。即使在基因组上的某一个位置处核心序列的次数一样，从而被酶切出的长度相同，但在基因组的其他位置上该核心序列重复次数又可能不同。由于DNA指纹是按孟德尔规律遗传的，子代的DNA指纹图可以追溯到其父母DNA指纹图上，而在不是其父母的DNA指纹图上则很难找到与其一样的小随体DNA片段。在父亲的5条可分辨的小随体DNA片段中，有4条处于杂合状态，即这4条DNA片段有不同的个体长度。因此，因高变区核心序列重复次数不同引起的RLFP才是真正的多态性。在不同个体，这种RLFP即DNA指纹可以说不存在相同的。即使使用一种探针产生的DNA指纹图无法鉴定这两个个体，如再用另一种探针便有可能将这两个个体区分开。DNA指纹技术已被应用于亲子鉴定和法医学上对罪犯的确认等领域。
