1、穿孔素储存于CTL细胞和NK细胞的胞浆颗粒中，是这些细胞杀伤靶细胞的主要效应分子。
2、CTL和NK细胞被激活后胞浆颗粒释放出来，穿孔素单体可迅速插入靶细胞的胞浆膜，多个单体聚合形成打孔聚合物，在靶细胞膜上形成不同孔径的跨膜通道，从而导致靶细胞膜去极化，使细胞外水分进入细胞内，一些电解质和大分子物质流出细胞外，最终引起靶细胞渗透性死亡。
3、对靶细胞进行攻击后的CTL和NK细胞与裂解细胞分离，又可攻击其他靶细胞。
4、穿孔素形成的孔还可以使颗粒酶进入靶细胞，引起靶细胞凋亡。
5、穿孔素还可使一些颗粒分子如颗粒溶解素(granulysin)进入靶细胞内，对胞内感染发挥免疫作用。
