1)抗茵治疗首先应根据粪便培养结果，选择敏感的抗生素，以“足量、联合和规范”的原则进行治疗。“足量”即是指应用抗生素时从首次给药开始应给予足量的抗生素，而不应逐渐增加负生素的剂量，以免产生耐药性；“联合”是指同时至少选择两种以上的抗生素，以增强抗菌作用，减少耐药性；“规范”是指应用抗生素过程应该规范。除了选择敏感抗生素、足够剂量、联合应用外，还应严格按正规的疗程进行。一般需要1—3个疗程，在此期间不得随意更改或中断治疗，抗生素的选择及其原则同急性菌痢。
(2)活菌制剂口服厌氧乳杆菌(乳酶生，biofermin)4—6g/次，每日3次；枯草杆菌(每片50亿菌)50一100亿菌/次，3次／日；双歧杆菌(丽珠肠乐l亿活菌/粒)2—3亿菌/次，3次／日；酪酸菌(米雅BM片)20—40mg／次，3次／日；需氧蜡样芽孢杆菌(促菌生)等治疗慢性菌痢也有一定的疗效。上述活菌制剂也可以联合应用。如果使用活菌制剂治疗婴幼儿慢性菌痢时，应给予双歧因、子或初乳；成人应给予胡萝卜和乳糖，可促进其生长。也可给予小肠不能吸收的野芝麻四糖、棉子糖、半乳糖和果糖。另外，对於肠球菌缺乏者，可服用叶酸、复合维生素B或含维生素B的食物，如蜂蜜等。
(3)保留灌肠(retention—enema)常用保留灌肠配方有：
1、5％～10％大蒜液100～150ml，每日1次，10次为一疗程；
2、1％新霉素液100—200ml，每日1次，10～15次为一疗程；
3、枯草杆菌液100—200ml(每lml含有枯草杆菌活菌3亿个)，每日1次，2—3周为一疗程；1％乳糖液100—200ml+双歧杆菌3亿个。
(4)中医中药治疗根据辨证论治的原则，可给予温中健脾的药物或方剂，如参苓白术丸或归脾丸。
