主要区别有，扮演的角色不同、穿着特点不同、表演特点不同，具体如下：
一、扮演的角色不同
1、青衣
主要扮演庄重的青年、中年妇女。扮演的一般都是端庄、严肃、正派的人物，大多数是贤妻良母，或者是贞节烈女之类的人物。
2、花旦
扮演的多为天真烂漫、性格开朗的妙龄女子。也有的是属于泼辣，放荡的中、青年女性称做泼辣旦。
二、穿着特点不同
1、青衣
所扮演的角色常穿青色褶子（长衫）而得名。
2、花旦
除某些性格内向的闺门旦，着长衫，多是着短衣，或裙子、袄，或裤子、袄。着裤子、袄时，配以坎肩、“饭单”(即围裙)、“四喜带”(即自腰前方，下垂于两腿中间的饰物)。
三、表演特点不同
1、青衣
表演特点是以唱功为主，动作幅度较小。行动比较稳重。念韵白，唱功繁重。
2、花旦
表演特点是以念白、做功为主。念白，多用流畅的散白，表演要求敏捷、伶俐。尤其以眼神犀利，腰肢、脚下灵巧为首要。唱功为辅，舞则必备。
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