毛泽东思想不属于中国特色社会主义的原因有以下几点：
一是关于近现代中国与当代中国的时限。
“中国特色社会主义理论体系”既是个理论概念，也是个历史概念，即有一个界定当代中国历史时限问题。对近代中国、现代中国与当代中国三段历史如何断代划分，见仁见智。因为对它的认识会随着历史的发展而变化。比如对“近代中国”，其上限起自1840年“鸦片战争”，已成定论。它的下限划在何时？过去将其定在1919年五四运动之前。
近些年来，史学界认为应划在1949年新中国成立之前。那么对“现代中国”如何定时？如果“近代中国”的下限定在建国之前，那么其上限无疑从新中国成立算起。它的下限呢？这里首先有个是否划分现代中国与当代中国的问题。不同学者有不同看法。“当代中国”是目前使用率比较高的概念，十七大报告也多处使用这个概念。我是赞成区分两者的。
我以为，“现代中国”与“当代中国”的时限划分，是党的十一届三中全会。按照十一届三中全会以来历次重要文献，都将十一届三中全会作为划分建国后历史的一个界限。小平同志早在1979年3月就指出：十一届三中全会是我国历史上的一个伟大转折，这是一个新的历史发展阶段的开端。
十七大报告也指出：1978年，我们党召开具有重大历史意义的十一届三中全会，开启了改革开放历史新时期。因此，对这个断代的时限是清楚的。如果承认这样断代，那么十一届三中全会就是“现代中国”的下限，也是“当代中国”的历史起点。
“中国特色社会主义”是个有特定内涵的历史概念。十三大报告指出：十一届三中全会以后，我们党“开始找到一条建设有中国特色的社会主义的道路，开辟了社会主义建设的新阶段”。既然是“开始”、“开辟”的“社会主义建设的新阶段”，那么，“中国特色社会主义”的历史起点就是十一届三中全会新时期。这即是说，“中国特色社会主义”是“当代中国”的社会主义。胡锦涛同志的报告也是这样认定它的时态的。报告开宗明义讲“旗帜”说，“中国特色社会主义伟大旗帜，是当代中国发展进步的旗帜”。
回顾十一届三中全会以来29年历史成就时，也是将中国特色社会主义理论体系，作为“当代中国马克思主义”讲的。报告还指出：新中国和社会主义基本制度的建立、社会主义革命和建设伟大成就，为当代中国一切发展进步奠定了根本政治前提和制度基础。这说明十七大对“当代中国”的时限已有认定。既然有这样的明确区分，讲当代中国的社会主义理论，就只能是改革开放以来的中国特色社会主义理论。
二是关于中国化马克思主义基础理论与创新理论的内涵。
马克思主义是个宏大的理论体系。就理论传脉言，毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想都包括其中，并且构成中国化马克思主义一脉。86年来，马克思主义中国化的几大理论成果，可按照实现的两次历史性飞跃而区分为基础理论与创新理论。作为第一次飞跃的理论成果――毛泽东思想，为中国化马克思主义的基础理论；作为第二次飞跃的理论成果――邓小平理论和“三个代表”重要思想，是中国化马克思主义的创新理论。
为什么这样区分呢？因为两者对什么是社会主义和怎样建设社会主义的认识既相通又相异。以毛泽东同志为核心的中央领导集体对如何建设社会主义尽管提出过许多好的和比较好的思想观点，如正确处理人民内部矛盾等，这在第二个《历史决议》中已有论列。
但是，由于在总体上对什么是社会主义和怎样建设社会主义的问题没有完全搞清楚，因而，毛泽东思想关于建设社会主义的理论不系统、不完整。第一代中央领导集体探索适合中国情况的社会主义建设道路，虽然在党的八大前后有良好开端，但最终没有真正找到。中国特色社会主义理论体系既然指当代中国的创新理论，那么作为基础理论的毛泽东思想就不包括在内。当然，不包括不等于不重要，它仍然是我们党必须坚持的指导思想。
自十四大提出“邓小平同志建设有中国特色社会主义的理论”以来，尽管没有对基础理论与创新理论作明文区分，但这个区分事实上是存在的。十四大报告指出：建设有中国特色社会主义的理论，是当代中国的马克思主义。“学习马克思列宁主义、毛泽东思想，中心内容是学习建设有中国特色社会主义的理论”。
十五大报告还指出：“坚持邓小平理论，就是真正坚持马克思列宁主义、毛泽东思想。”十七大报告讲“中国特色社会主义理论体系”时，说它“坚持和发展了马克思列宁主义、毛泽东思想”，“是马克思主义中国化的最新成果”。这些都是以区分了基础理论和创新理论为前提，存在一个说明两者的关系而讲的。对中国特色社会主义理论体系的界定，正是这个逻辑使然。
三是关于毛泽东思想与中国特色社会主义理论的渊源。
这是说毛泽东思想是中国特色社会主义理论的渊源理论，而不是本源理论。所谓毛泽东思想是中国特色社会主义理论的渊源理论，即中国特色社会主义理论是对毛泽东思想的继承和发展。对此，小平同志曾经说过：“从许多方面来说，现在我们还是把毛泽东同志已经提出、但是没有做的事情做起来，把他反对错了的改正过来，把他没有做好的事情做好。今后相当长的时期，还是做这件事。当然，我们也有发展，而且还要继续发展。”
正是基于这个认识，在上个世纪80年代以后非常流行中国特色社会主义“始于毛，成于邓”的说法。应当指出，在提出作为中国特色社会主义核心理论的社会主义市场经济理论以前，这个说法反映了当时的历史实际和认识水平。
但是，自提出社会主义市场经济理论以后，还有其他创新理论的不断提出，正如列宁所指出的，“我们对社会主义的整个看法根本改变了”。既然对中国特色社会主义理论的认识有了很大变化，那么对“始于毛”的说法就要作具体分析。
若就我们党提出要将马列主义与中国实际相结合，找出一条适合中国情况的社会主义建设道路这个思想而言，即从指导思想的方法论而言，完全可以继续说中国特色社会主义“始于毛”。但若就当今提出的一系列创新理论而言，特别是在实行以社会主义市场经济为标志而制定的那一套方针政策之后来言中国特色社会主义，则很难再说它“始于毛”了。那个说法毕竟是上个世纪的认识，根据历史的发展对一些认识加以修正是很正常的。
