北京同仁医院有三个区:西区、东区、南区（亦庄开发区医院）。
前两个区在崇文门内大街，崇文门十字路口东北角是东区，西北角是西区，（东西相望、过街天桥相连），第三个南区在北京经济技术开发区，5号线（亦庄线）可达。这三个区都是同仁医院的一部分，三区统一管理，内部称：“两岸三地”。这三个区的具体情况如下：
1、西区是同仁医院老院所在地，多为综合门诊、综合病房。
2、东区是同仁医院收购原部队四星级“金朗大酒店”改造2004年2月开业的高档医院，主要是眼科、耳鼻喉科特需门诊、整形美容中心、眼屈光中心、白内障中心、儿童斜弱视、足踝外科、体检中心等特色科室，还有眼科特需、耳鼻喉特需和干部保健病房。
3、南区（即亦庄同仁医院）是同仁医院应开发区功能配套要求投资建设的新医院，是三大直属院区之一，北京市A类医保定点医院(医保就诊不受医院限制)，功能和西区一样，其中儿科、妇产科成为新的特色科室。
同仁医院眼科中心在这三个区均设有病房、门诊和眼科检查室，都归眼科中心统一管理。
其中：西区三楼是眼科门诊与检查，专设北京市眼科会诊中心、门诊手术室；东区一楼专设眼科特需服务门诊部、三楼专设屈光中心（近视激光治疗）、白内障中心，楼上有三层病房是眼科特需病房。南区是眼门诊、手术、住院都有。
眼科医护人员三地轮转（护士和住院医生相对固定时间长，主治以上医生相对固定在一个地方时间很少，专家几乎不固定）。
现在暑期每天眼科的门诊量超过一万人。
同仁医院三区除了地理位置不一样，其它都一样，都通用！其中：东区是特需为主，价格稍贵。
