您好，您说的事情涉及好多个问题，一个一个说吧
第一、未批先建，肯定是规划先处罚，处罚包括罚款和地上建筑的处置，罚款是肯定的，建筑物是保留还是拆除，那看你们跟规划做工作了。
第二、补审批手续 这又分两种情况：1、土地证是工业用途，出让性质，a、如果加建部分仍然是工业厂房，那么需要看加建是否超出合同约定规模，超出则需要补交土地出让金。b、若加建部分不是工业，而是别的用途，需要办理土地用途变更审批，补交出让金，土地证变更为两种用途，按共用宗处理 2、土地证是工业用途，划拨性质 a，加建部分工业，那么一般不需要办理土地手续，直接去规划局 b，加建部分是经营性用途，那么需要招拍挂供地
土地手续办完之后，再去规划，建设，按顺序办就行了
第三、没房产证 没房产证的建筑其实很多见，如果自用不交易，其实影响不大。但是，若想买卖，那么没有证是办不成的
希望这个回答对你有帮助
