2000年12月，经国务院批准，撤销锡山市，设立无锡市锡山区和惠山区。惠山区辖原县级锡山市的洛社、玉祁、前洲、西漳、堰桥、长安、石塘湾、钱桥、藕塘、杨市、阳山、陆区12个镇。区人民政府驻堰桥镇。2001年2月正式挂牌设立。
2001年，惠山区辖12个镇，132个行政村：长安镇、西漳镇、堰桥镇、前洲镇、玉祁镇、洛社镇、石塘湾镇、钱桥镇、藕塘镇、杨市镇、阳山镇、陆区镇。
2002年9月，长安镇、西漳镇、堰桥镇合并设立堰桥镇。惠山区辖10个镇：堰桥镇、前洲镇、玉祁镇、洛社镇、石塘湾镇、钱桥镇、藕塘镇、杨市镇、阳山镇、陆区镇。
2003年4月27日，民政部批准惠山区人民政府驻地由洛社镇迁至堰桥镇。
2004年，洛社镇、石塘湾镇、杨市镇合并设立洛社镇；钱桥镇与藕塘镇合并设立钱桥镇；阳山镇与陆区镇合并设立阳山镇；至此，惠山区辖6个镇：堰桥镇、钱桥镇、玉祁镇、洛社镇、前洲镇、阳山镇。
2005年，惠山区辖堰桥、前洲、玉祁、洛社、钱桥、阳山6个镇，12个社区居委会、7个居委会、119个村委会。
2006年10月20日，撤销堰桥镇，设立堰桥街道、长安街道。
2007年11月13日，撤销惠山区钱桥镇，以其原辖区域设立钱桥街道办事处。办事处管理4个社区居委会和16个村委会。办事处驻钱桥育才路（原钱桥镇政府驻地）。钱桥撤镇设街道后，与无锡（藕塘）职教园区实行“街园合一”的管理体制，管理桥北、桥南、新村、藕塘4个社区居委会，华新村、胜丰村、西漳村、苏庙村、晓星村、溪南村、洋溪村、舜柯村、藕塘村、东风村、恒源祥村、勤建村、稍塘村、盛峰村、庙塘桥村、南水渠村16个村委会。
2009年7月3日，撤销前洲镇、玉祁镇，设立前洲街道、玉祁街道。前洲街道办事处驻锡玉路11号，管理1个居委会，17个村委会；玉祁街道办事处驻锡玉路102号，管理1个居委会，17个村委会。
2011年3月22日，洛社镇的火炬村和桃园村划归阳山镇管辖；将洛社镇的铁路桥村和张皋庄村划归前洲街道管理。调整后，洛社镇辖6个居委会、19个行政村；阳山镇辖2个居委会、12个行政村；前洲街道管理6个居委会、11个行政村。
惠山区位于“长三角”腹地，南临太湖，北靠长江，东接上海、苏州，西邻南京、常州。截止2012年末，惠山区总面积325.12平方公里。 2012年，惠山区基本实现年内增扩养老机构床位300张。钱桥敬老院改扩建项目完工，洛社镇敬老院改扩建项目基本完工。实施免费优生健康检查4142人，覆盖率90.52%。洛社镇建成区首个早教活动中心，11个村（社区）建成早教工作指导室。惠山区人口计生局被评为江苏省“人口计生窗口服务示范单位”。2012年，惠山区企业职工养老保险净增缴费人数10853人，到龄居民养老保险参保率和居民医疗保险覆盖率达99%；到龄居民养老金发放覆盖率100%。实施深度救助102人次。免费为240名白内障患者实施手术，为4.9万名65岁以上老年人体检，为502名听力残疾人适配助听器，为7342名持证残疾人办理免费公交卡。
