1.办公室
负责厅机关政务工作的组织协调、文电处理和对外联络工作；负责重要会议的组织与协调，起草重要文稿；负责全厅的新闻宣传、政务信息、外事、机要保密、提案、信访、档案管理和安全保卫工作。
2.计划财务处
组织制定全区建设事业发展战略和中长期规划；编制固定资产投资计划和利用外资计划；综合管理各项专项资金的分配使用；按规定办理有关项目立项的审查或审批；负责厅机关行政及事业专项经费的财务会计核算；负责厅机关、厅属事业单位的财务管理、国有资产管理；综合管理行业统计工作、负责建设行业的对外招商引资工作。
3.政策法规处
组织拟订建设行业的重要政策和改革方案并协调实施；负责综合性政策调研；拟订立法计划，组织地方性建设法规、规章的论证、起草、修改、报批和授权解释工作；综合管理建设行政执法监督工作；承办行政处罚、行政复议和行政应诉代理工作；负责建设行业普法工作。
4.科学技术处
组织编制全区建设行业科技发展战略、中长期规划、重点项目计划；组织重大科技项目的研究开发及引进项目的消化、吸收、创新；管理和组织推广行业科技成果；指导企业技术进步；指导新型建筑材料的推广应用和建筑节能工作。
5.标准定额处
标准定额处组织实施工程建设国家标准、全国统一定额和行业标准；贯彻执行建设部关于工程造价管理的制度和规定，研究制定全区工程造价管理办法；组织制定和发布工程建设自治区标准，建设工期定额、建设用地指标，经济技术参数及评价方法等；对工程建设标准、定额和工程造价管理办法的执行情况进行监督检查；负责工程造价咨询单位和工程造价执业、从业人员资格管理；归口管理建设行业产品标准的备案及指导质量人证工作；协调处理工程建设标准、定额和造价管理中的问题。
6.建筑管理处
研究制定全区建筑业发展战略、产业政策和中长期规划并指导监督实施；负责指导和规范全区建筑市场，拟定规范建筑市场各方主体的市场行为以及工程招投标、建设监理、建筑安全生产、建筑工程质量等管理的规章制度并监督执行；研究制定建筑业体制改革措施并监督执行；指导建筑企业建立现代企业制度；负责建筑施工、建筑安装、建筑装修、建筑制品、建设监理等企业的资质审批工作；负责对区外建筑企业进疆从事建筑活动实施验证、注册登记管理、组织协调建筑企业参与国际工程承包和劳务合作；负责建筑业统计工作。
7.勘察设计处（抗办）
组织制定全区工程勘察设计咨询业中长期发展规划、改革方案、产业政策、技术政策；负责全区勘察设计咨询市场和勘察设计咨询单位质量管理；监督指导工程勘察设计招投标；组织全区工程建设标准设计的编制、审定及推广；负责全区工程勘察、设计、咨询单位和建设工程施工图审查机构的资质管理；负责外省进疆设计单位的资质验证、登记注册管理；指导城市地下空间的开发利用；综合管理工程建设抗震设防和抗震加固工作，指导震后重建工作。
8.城市规划处
研究制定全区城市发展战略及城市规划管理的政策措施；组织全区城镇体系规划、城镇总体规划、详细规划、专业规划的编制工作；负责自治区城镇体系规划和城市总体规划的审查、报批工作；负责国家和自治区立项的建设项目选址定点审批和限额以上规划用地审核；参与土地利用总体规划审查；负责城市规划设计单位的资质管理；负责城市雕塑和城市地下空间开发利用的规划管理；承担对历史文化名城相关的审查报批和保护监督；管理城市勘察和市政工程测量工作。
9.城市建设处
研究制定全区城市建设和市政公用事业发展战略、产业政策、改革措施和中长期规划并指导和监督实施；贯彻执行国家制定的城建行业技术标准；负责城市供排水、燃气、热力、市政设施、公共客运、园林绿化、市容环卫等行业管理；负责对自治区重点风景名胜区及其规划的审查报批和保护监督工作；指导城市计划用水、节约用水和城市规划区地下水的开发、利用和保护工作；负责城市建设统计工作。
10.村镇建设处
研究拟定村镇建设（包括县以下建制镇、集镇、村庄）的发展战略、政策措施和中长期规划并监督实施；组织建制镇、集镇规划及村庄、牧民定居点规划的编制和实施工作；负责边境口岸总体规划的审查报批工作；组织实施村镇建设试点；指导农房建设和村镇基础设施建设；指导受灾地区村镇重建和大型建设项目地区的村镇迁建工作。
11.房地产业处
研究制定自治区房地产业发展战略、中长期规划和产业政策；指导全区住宅建设和房地产开发；指导城镇土地使用权有偿转让和开发利用工作；负责培育和规范房地产市场，指导房地产交易、租赁、抵押等经营活动；负责房地产开发、中介服务、物业管理等企业的资质审查；指导房地产产权、产籍管理、房屋拆迁和危房鉴定管理等工作；组织拟定全区城镇住房制度改革综合配套政策和方案；审核各地房改实施方案及配套政策并指导实施；负责全区住房公积金及其他住房资金的政策指导和监督；负责住房制度改革领导小组的日常工作。
12.住房公积金监管处
负责办理区级行政、事业单位公有住房出售收入职工租赁保证金、维修金的收缴、审核工作； 负责自治区行政、事业单位用于住房建设级住房维修资金的审批监督工作； 负责自治区级行政、事业单位职工住房补贴核发及管理工作。
13.人事教育处
负责厅机关及直属事业单位的组织人事、劳资和机构编制工作；负责全区建筑工程和房地产经济专业技术职称评审；综合管理建设行业执业注册师的资审、培训、注册等工作；制定并实施全区建设行业人才培养规划；负责建设行业职工教育培训工作；指导全区建设行业职工职业技能鉴定和专业技术人员继续教育；管理厅属学校；负责厅系统的社团管理工作。
14.机关党委（精神文明办）
负责厅机关及直属单位的党群工作。
15.纪检组（监察室）
负责厅机关和直属单位的纪律检查和行政监察工作。履行党的纪律检查和政府行政监察职能。
16.老干部工作处的职责
负责厅机关、直属单位离退休人员的服务和管理工作。
17.行政许可办公室
根据《关于成立建设厅行政许可服务中心有关问题的通知》（新建人[2008]1号）规定，建设厅行政许可服务中心的具体职责为：统一受理企业资质、个人执业资格类建设行政许可申请，向厅对口业务处室转办行政许可申请，向申请人送达行政许可文书、证书，督促业务处室承办行政许可申请事项工作进度，会同业务处室管理建设行业资质（资格）评审专家库，推进行政许可电子政务。
