区别主要有五点：
1、等级划分
资质证书：在住建部的《建筑业企业资质标准》中，除了劳务分包、特种工程等，大部分的资质都有等级之分。如古建筑资质，就分为一级、二级和三级。
营业执照：建筑企业注册登记之后，就会领到营业执照，这个是不分等级的。
2、证书作用
资质证书：建筑企业承包工程前，就必须具备相应的资质证书，否则承包合同无效。由于建筑资质分为多个类别，大家可根据经营范围，选择对口的进行申请。
营业执照：代表企业的合法经营资格，是开展经营活动必需，也是强制要求具备的。
3、申请要求
资质证书：申请过程中，要求企业的施工能力达标，必须满足专业人员、场地设备和工程业绩等条件。
营业执照：须得满足合法经营要求，确定办公场地、公司名称和企业法人等内容。
4、办理流程
资质证书：到建筑主管部门咨询，了解具体办理要求后，准备材料进行申请即可。
营业执照：首先，要到工商行政机关核名，领取名称核准通知书。其后，确定场地、法人等，准备相关材料;最后一步，才是去注册登记，然后等到审核通过领证。
5、所需费用：
资质证书在办理过程中，主管部门是不收费的，但却有其它的费用产生，诸如申请古建筑一级资质的，要有2000万的净资产。对于中小企业来说，即使找机构垫资，利息也是一大笔费用。
营业执照办理是不收费的。
营业执照是资质证取得的前提条件，也是企业申请许资质证不可缺少的资料之一，申请资质证事项，必须在营业执照的经营范围内。
营业执照是工商行政管理机关发给工商企业、个体经营者的准许从事某项生产经营活动的凭证。
企业资质证书实际上就是指企业有能力完成一项工程的证明书。
拓展资料：
营业执照中的经营范围，常常有“凭有效资质经营”的说明，所以，在日常经营活动与合同审查中，必须同时审查营业执照与相应的资质证书。
与资质证有相似规定的还有许可证。
许可证范围很广，主管部门也很多，如安全生产许可证，由安全监督管理部门颁发。然而资质证，因颁发资质证的行为属于行政许可行为，故属于广义的许可证，根据《建筑业企业资质管理规定》，由建设主管部门统一监督管理，其他部门配合。
