神奇宝贝皮卡丘版（日文︰ポケットモンスター ピカチュウ，英文︰Pokémon Yellow: Special Pikachu Edition）是为了纪念动画版所发行的版本，又称黄版。
游戏内容大致与红、蓝、绿版相同。
与红、蓝、绿版最大不同处：
皮卡丘会如动画中一般跟在主角旁边，并且无法进化。可以通过“心情模式”查看皮卡丘当前的状况。
大部分剧情根据动画版进行了修改，以呼应神奇宝贝动画。
宿敌之伊布会依游戏中与主角对战之记录进化为不同型态。
玩家根据剧情推动可以获得妙娃种子、小火龙与杰尼龟，而且也仿照动画版的剧情从特定的NPC手中取得.
部分剧情变动，如多次遇到的火箭队队员变成了武藏、小次郎和喵喵。
SFC
红绿蓝皮卡丘版支持SFC的Super GameBoy和Super Game Boy2外设，可以在SFC上玩红绿蓝皮卡丘版游戏，且有对应的特别外框。并且根据游戏版本不同，拥有不同的彩色配色。
GBC
皮卡丘版支持在Game Boy Color上兼容运行，但是相对其他第一世代游戏，皮卡丘版针对GBC进行了色彩优化。
日版的皮卡丘版与GBC先后发售，因此默认使用了GBC的红黄色调的调色盘，但是颜色是单色。
海外版本的皮卡丘版因在GBC上市1-2年后发售，所以针对GBC进行了一些优化，调色盘色彩更加多样，部分神奇宝贝拥有类似于第二世代的颜色，但是发色数仍远低于GBC游戏。
GBA
红绿蓝皮卡丘版支持在Game Boy Advance上兼容运行，效果与GBC相同。
