1898年，光绪帝任用康有为、梁启超等推行戊戌变法，因与保守派对立而失败。慈禧镇压维新运动，软禁光绪帝于瀛台。各国同情维新派，协助康有为、梁启超逃离中国，而慈禧欲废黜光绪帝，但因遭各国反对而不敢付诸行动，令她怀恨在心。加上列强企图瓜分中国，纷纷租借港湾和划分势力范围，也增长了慈禧的仇外情绪。
中国在1894年的甲午战争中被日本打败，被迫在1895年签署马关条约，显示了之前的洋务运动失败，再次引起欧洲列强的野心。1896年，有意瓜分中国的欧洲强国，对清政府提出无理要求，并要求准许修建铁路和采矿。1897年11月，山东发生“曹州教案”，两名德国传教士能方济（Franz Niez）及理加略（Richard Heule）被冲入教堂的村民打死（起因不明）。德国立即作出了反应，乘机出兵占据了胶州湾和胶澳（今青岛）。德皇更对其舰队训言，谓：“如中国阻挠我事，以老拳挥之”。接下来的一个月，俄军进驻了辽阳南方的旅顺，英国和法国之后分别派兵占领威海和广州湾（现在广东湛江）。
外国的进占，更激发起山东各地的排外情绪。1898年3月，拳民活动在山汤加剧。1899年，捐官出身的汉裔旗人毓贤出任山东巡抚，提出“民可用，团应抚，匪必剿”，对义和拳采用抚的办法，将其招安纳入民团。于是义和拳成了“义和团”，而口号亦由“反清复明”改成“扶清灭洋”。义和团四处烧教会、杀教士；抵制所有外国事物和之前失败的“洋务运动”。在义和团的积极排外下，外国人被称为“大毛子”，一律杀无赦。中国人如信奉天主教、基督教，通被称为“二毛子”；其他通洋学、懂洋语、以至用洋货者，被称“三毛子”以至“十毛子”等，轻则被殴辱抢劫，重则可能有杀身之祸。时人记载：“若纸烟，若小眼镜，甚至洋伞、洋袜，用者辄置极刑。曾有学生六人仓皇避乱，因身边随带铅笔一支，洋纸一张，途遇团匪搜出，乱刀并下，皆死非命。罗稷臣星使之弟熙禄，自河南赴津，有洋书两箱，不忍割爱，途次被匪系于树下，过者辄斫，匪刀极钝，宛转不死，仰天大号，顾以为乐；一仆自言相从多年，主人并非二毛，亦为所杀，独一马夫幸免。其痛恨洋物如此。”甚至有“一家有一枚火柴，而八口同戮者”。
1899年冬，山东肥城发生英国圣公会传教士卜克斯被杀案件，在西方各国连续抗议后，毓贤被清廷免职。新任巡抚袁世凯带领北洋新军在山东大力镇压义和团。毓贤离职后到北京觐见慈禧太后，向她提出招安义和团；之后获得调任山西巡抚（他在后来的任期内先后亲自下令诱杀、捕杀了超过150名传教士和他们的家眷，参见中华书局1983年版《中国近代史》）。戊戌政变后完全控制朝廷的慈禧，对西方反对她废黜光绪感到十分不满。
1900年1月，慈禧不顾西方外交人员的抗议，发布维护义和团的诏令。直隶总督裕禄于是由本来剿灭义和团，转变成扶助义和团。除了向团民发放饷银外，裕禄还邀请义和团的首领大师兄到天津开坛聚众。于是山东的拳民涌入直隶。由天津至涿州、保定都有拳民起坛请神、烧教堂、杀洋人、杀清军、并到处毁坏铁路及电线杆等洋物。涿州知府更被三万名拳民占据。慈禧派军机大臣协办大学士刚毅和顺天府尹赵舒翘到涿州调查。结果刚毅回京后，向慈禧报告“拳民忠贞，神术可用”。朝中庄亲王载勋、端郡王载漪、辅国公载澜亦主抚义和团，向洋人开战。
5月28日，英国全权公使窦纳乐（Claude Maxwell MacDonald 有感使馆区有危险，要求泊在大沽附近的17艘外国战船增援。337名外国水手及陆战队员于5月31日登岸，乘火车于当晚抵京，防卫使馆区。另外89名德国及奥国陆战队员于6月3日抵京。
6月9日，慈禧调董福祥的武卫后军进城，驻扎在天坛和先农坛附近。董军中不少士兵参加了义和团。
6月10日，端郡王载漪出任总理各国事务衙门大臣。义和团拳民于同时开始大举入京。最多时北京的拳民超过十万。是日起，北京外国使馆对外通讯断绝。
6月11日，日本驻华使馆书记杉山彬被刚调入京的清兵甘军所杀 ，被开腹剖心。驻天津的各国领使组织二千人的联军，由英国的海军司令西摩尔(Edward Seymour)带领，乘火车增援北京十一国公使馆。因为铁路被拳民破坏，西摩尔受阻于天津城外的杨村、廊坊一带，与清兵及义和团展开战斗不利，退回城中，致使第一次试图解除清兵和义和拳民对公使馆的围困失败。该战事被清政府及义和团认为是一次抗击外敌的重大胜利，并被命名为“廊坊大捷”。
6月13日，义和团进入内城，当天烧毁孝顺胡同亚斯立堂、双旗竿（今外交部街西口外）伦敦会、八面槽（王府井）天主教东堂、灯市口公理会、东四五条西口的美国福音堂、交道口二条长老会、鼓楼西鸦儿胡同长老会、西直门内天主教西堂、西四羊肉胡同基督教堂、石驸马桥安立甘会、宣武门内天主教南堂共11所教堂。有3200名天主教徒逃入（有42名法兵占据）天主教北堂，2000多名基督教徒逃入东交民巷的使馆区。拳民在北京放火烧掉教堂和一切与西洋有关的事物。
6月15日，军机处曾一度传旨，令在任两广总督的李鸿章，及山东巡抚袁世凯速入京。
6月16日，前门一带约千家(一说四千家)商铺因老德记西药房大火而被烧成废墟，正阳门楼、北京24家铸银厂也遭烧毁。拳民同时四处破坏教堂攻击教民，庄王府前大院被当成集体大屠杀的刑场。除了屠杀教民外，义和团更滥杀无辜，诬指许多市民(包括许多妇女小童)为白莲教而烧死戮死，如据当时目击者记载：“乡民适趋市集，七十余人悉絷以来；伪饰优伶冠服儿童戏物，指为白莲教；下刑部一夕，未讯供，骈斩西市。有妇人宁家，亦陷其中，杂诛之，儿犹在抱也”；也有被公报私仇而杀者，如扶持义和团的庄亲王载勋、端郡王载漪的好友副都统神机营翼长庆恒一家大小十三口因被寻仇于七月初被全部杀害。而义和团民的不同派别也互相武斗残杀。义和团、京师禁军和甘军也肆意奸杀妇女，不计其数。除了屠杀奸淫外，义和团及清军也掳掠洗劫商户平民，并将赃物公开拍卖。当时的权贵之家也不能幸免，如吏部尚书孙家鼐、大学士徐桐的家都被抢掠，徐桐(时年八十)更被义和团民拖出批斗。 是日慈禧召开御前会议后，一度发出勒令解散拳民的上谕。
6月17日联军攻占大沽口炮台。慈禧收到此消息的同时，得到虚假情报，以为外国的要求她归政于光绪。慈禧态度作出一百八十度转变，转为支持义和团及向洋人开战。命刚毅、载漪、载勋、载濂、载澜统领义和团，载勋任步军统领九门提督。
6月20日，德国驻华公使克林德（Klemens Freiherr von Ketteler）代表各国前去总理衙门要求保护，途中被清兵伏击（由于克林德曾经枪杀义和团众，此次行为被认为是报复）；酿成战争的导火线。
6月21日，清政府以光绪的名义，向英、美、法、德、意、日、俄、西、比、荷、奥十一国同时宣战。
清廷向各国宣战的同时，也悬赏捕杀洋人，规定“杀一洋人赏五十两；洋妇四十两；洋孩三十两”。义和团及朝廷军队围攻各国在北京的使馆。使馆区内被围人数约3,000人，当中约2000 为寻求保护之华人；400人为外国男性平民，147名妇女及76名小童。另有士兵、水兵及陆战队共409人，武装有3挺机枪及四门小口径火炮。各国在准备以武力解救使馆的同时，各使馆筑起防御工事，由英国公使窦纳乐负责指挥抵抗。
6月25日，清廷当权派载漪、载勋、载濂、载滢四兄弟率义和团六十多人直奔瀛台欲弑光绪，被慈禧太后阻止而未果。
事件最终演变为国际军事冲突，在事件平息之前，约有45,000名来自日本、美国、奥匈帝国、英国（英军中包括英在威海卫训练的由中国人组成的中国兵团）、法国、德国、意大利及俄国的八国联军以及反抗拳乱的中国军队与义和团拳民对战。7月至8月进军北京的联军指挥官是俄国人General Linevitch。
