1、移除
a、以人工刷除后利用过滤方式将藻类移出泳池水之外。
b、利用聚合物（如聚合氯化铝）之类的化学药剂将藻类沉淀于池底，再用吸污机以水底吸尘方式排除。
2、直接杀死
a、利用化学消毒杀菌剂直接对藻类本身作伤害性的致死接触，如氯、臭氧等对藻类细胞内酵素蛋白质中的巯基进行破坏与蛋白质中硫键结合破坏而导致藻类死亡。
b、利用紫外线的照射使藻类细胞待原形质的胶质状态产生变化，使藻类衰竭而死。
c、利用含有多氨基（polyamino）的杀菌剂如Guanidine等来抑制藻类的生长，国际上有以此来完全代替氯作为泳池与按摩池的消毒剂，添加一次可长时间有效控制水质，著名的Softswim即是此类。
3、中毒死亡
硫酸铜属重金属盐类，重金属的阳离子一般对微生物都有一定的毒性，其毒性大小按如下顺序排列：
银(Ag)＞汞(Hg)＞铜(Cu)＞钙(Ca)＞铬(Cr)＞镍(Ni)＞铅(Pb)＞钴(Co)＞锌(Zn)
重金属必须在离子状态下才有毒性，分子状态不起杀生作用。菌体表面在正常情况下要吸附溶液中若干无毒阳离子（如H+、Ca2+、Mg2+、K+等），但当有毒的阳离子（如Zn2+、CU2+、Mg2+、Ag+等）存在时，可置换无毒离子而吸附在菌体表面，从而改变细胞的性质，部分重金属离子还能进入细胞内与蛋白质或酶结合导致微生物死亡。最常用的重金属盐类是硫酸铜，它对有叶绿素的微生物效果特别好。使用的浓度为3—5mg/L时，大部分藻类都可以被杀死。生物处理的允许含量为0.4～0.5mg/L。
铜离子之所以具有致毒作用，是由于可凝细胞的胶体可以与包括丙氨酸，亮氨酸，赖氨酸和甘氨酸在内的许多天然氨基酸，形成稳定的螯合物，使这些氨基酸失去正常的功能。值得一提的是，铜离子对酸碱度与总碱度很敏感，在水质pH值偏碱与碳酸根存在下，很快地形成不溶解铜，而沉淀于池底失去作用，并导致池体着色，这从泳池磁砖缝呈绿色可看出来。也因此铜能生成出不沉淀而杀死水中浮游藻类的有机铜与螯合铜和容易沉淀于池底而杀死池底藻类的氢氧化铜和硫酸铜，而硫酸铜则兼具了这两项功能，在初期硫酸铜解离出铜离子而杀死水中的浮游藻类，在末期则形成不溶解性的硫酸铜与氢氧化铜，杀死池底与砖缝的苔藻。近来随着锌的研究，已有锌电解方式作为杀藻之用，锌的好处是溶解度较大，无混浊与池底着色问题，坏处是减藻力较差
