一块地可以分割办理多个土地证和房产证。现在的居住小区都是如此，小区业主各有各的房产证和土地证。这一点是肯定的。
你的问题主要在于违章建设，违章建筑是拿不到房产证的。由于超盖，整栋房子都将拿不到房产证。而且违法建设还将面临罚款、勒令整改恢复乃至没收的处罚。由于是违法行为所以公证也无效。
鉴于你的情况，建议你舅舅按照规划要求建设两层，然后申办房产证，你作为产权共有人在房产证上落名，意即你们合作建房，这个合法而且可以公证。申办下来之后加不加盖就自己看着办了。这样，两层的房子是合法建筑，而你也在其中占有一定合法份额。当然政府拆迁只承认两层的建筑，但是你能从中分到自己的份额。
违章建设有风险，慎重～
