不同之处主要在于:
（一）原因不同：
商标被驳回是因为申请注册的商标不符合“在先申请或注册原则”及违反禁注条例，商标局才驳回商标注册申请。
商标申请不予受理则是因为申请人提交的商标申请文书不全或不符合相关规定才不予受理的。
（二）审查对象不同
商标被驳回是因为其本身不满足核准注册的条件，因此审核对象只有商标本身。
商标申请不予受理主要还是因为申请材料存在问题，只属于形式审查阶段，审查对象只是商标申请文书和商标形式。
（三）下发文书不同
商标局收到商标注册申请件后，商标局主要发出三种通知书：受理通知书、补正通知书与不予受理通知书。而商标被驳回，商标局会下发商标驳回通知书。
（四）退费政策不同
缴纳相关费用是商标受理流程的最后一个环节。
商标被驳回是不退还申请费用的。
而正常情况下不予受理的商标注册申请并未扣除相应费用。因申请手续不齐备、未按照规定填写申请文件而不予受理的，尚未收取受理商标注册费。
