甲状腺功能低减发病缓慢，症状不特异，常常被患者和家属忽视，不能早期诊断、早期治疗。甲减需要与肾功能不全、泌乳素瘤、唐氏综合征、特发性水肿、低T3综合征。
（1）肾脏功能不全：此类患者可以有下肢和眼睑的水肿、乏力、面色苍白、食欲减退症状，与甲减相似，但肾功能不全患者多有肾脏疾病的病史或者诱因，多有血尿或者蛋白尿，血清肌酐、尿素氮可明显升高，可以鉴别。
（2）泌乳素瘤：垂体泌乳素细胞瘤分泌过量泌乳素引起的较为常见的一种疾病，典型的临床表现有高泌乳素血症、垂体占位性病变。女性患者有闭经、溢乳、不孕，男性患者有性功能减退、乳腺发育、精子数目减少、不育。根据临床症状、泌乳素（PRL）明显升高（＞200微克/升）、垂体占位性病变基本可以诊断。
（3）唐氏综合征：呆小症患儿特殊面容应与唐氏综合征相鉴别，早期检测甲状腺功能非常重要，同时要注意婴幼儿的发育、饮食、睡眠、大便等情况。必要时可行相关实验室、染色体的检测。对疑似甲减而缺乏诊断条件的，可给予试验治疗。
（4）特发性水肿：常见于女性，水肿与月经周期有关，也易发生于更年期。常伴有尿少，随着利尿剂的应用，每日体重可有较大范围波动。实验室检测甲状腺功能正常，临床上找不到器质性疾病的证据。
（5）低T3综合征：当患者伴有严重的全身性疾病时，如心衰、呼吸衰竭等，体内甲状腺激素水平可以发生改变，它是机体为了降低能量代谢，内分泌系统对疾病的一种反应。患者多表现为TSH、T4、FT4水平正常，TT3、FT3水平减低。疾病的严重程度与T3降低的幅度相关。
