有限合伙独有的税收政策，有利于进一步提高投资收益。无论是公司制还是信托制的投资基金，均无法避免双重征收所得税。而有限合伙企业中仅对合伙人个人征收所得税，大大提高了投资收益。
与公司制相比有限合伙制可以避免所得税的双重征收问题。根据合伙企业法的原则性规定，有限合伙企业的经营所得及其他所得采取”先分后税“的原则，在向各合伙人分配前无须缴纳所得税，在分配后由各合伙人分别缴纳所得税。根据关于合伙企业合伙人所得税问题的通知的规定，合伙人是自然人的，缴纳个人所得税；合伙人是法人和其他组织的，缴纳企业所得税。根据2000年1月1日起实施的关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定，自然人合伙人应比照个人所得税法的”个体工商户的生产经营所得“应税项目，适用5％—35％的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
然而，房地产投资基金合伙人的年收益普遍较高，其中自然人LP若按照”个体工商户的生产经营所得“应税项目，适用5％——35％累进税率征收个人所得税，其极大部分从房地产投资基金中获得的收益将按照35％的税率纳税。相比之下，自然人LP的纳税额比企业所得税更高。但是，房地产投资基金的自然人LP并不实际参与投资基金的运营管理。要对其比照个体工商户的生产经营所得征收个人所得税并不合理。
针对这一问题，各地颁布的地方性规章作出了进一步规定。上海规定：执行合伙事务的自然人GP按”个体工商户的生产经营所得“应税项目，适用5％——35％累进税率征收个人所得税。不执行有合伙事务的自然人LP则按”利息、股息、红利所得“应税项目，依20%税率计算缴纳个人所得税。重庆也有相类似的规定。
而天津的规定，对于自然人GP而言更为优惠。对于执行合伙事务的自然人GP也在投资基金中出资的，根据天津市促进股权投资基金业发展办法对其投资收益或股权转让收益部分，仍然可适用20%的税率。
从这一系列地方性规章可以看出，现阶段我国对于有限合伙制股权投资基金采取了对经营管理收益和股权投资收益区分纳税的基本原则。这一原则相对较合理，也有利于促进股权投资基金发展。
同时，为了最大程度的避免适用5％——35％累进税率缴纳个人所得税，可以公司名义作为房地产投资基金的GP。这样GP在房地产投资基金中的收益只需按企业所得税的税率缴税即可。
