上海南站拥有两条地铁轨道交通，分别为1号线和3号线。
1号线：
上海南站---上海站方向 首班4:55
上海南站---富锦路方向 首班5:18
上海南站---往莘庄方向 首班5:54
3号线：
上海南站---江杨北路方向 首班05:25
上海地铁上海南站站：位于上海市徐汇区沪闵路桂林路，铁路上海南站旁。本站为上海轨道交通1号线的地下岛式车站、上海轨道交通3号线的地面岛式车站，也是1、3号线的换乘站及3号线的南起讫站。规划中上海轨道交通15号线也会经过本站，成为一号线、三号线与十五号线的换乘站，三个站台以“工”字型布置。
上海地铁线路图如下：
