北京代办日本签证的机构有：
中国国际旅行社总社（北京市东城区东单北大街1号国旅大厦）
中国旅行社总社（北京市东城区东交民巷8号）
中青旅股份有限公司（北京市东城区东直门南大街5号中青旅大厦17层）
中国妇女旅行社总社（北京市东城区灯市口大街50号好润大厦2F202室）
中国天鹅国际旅游公司（北京市朝阳区东三环农光南里1号龙辉大厦4层411室）
北京市中国旅行社有限公司（北京市朝阳区朝外街道朝阳门南大街18号214室）
中国和平国际旅游有限责任公司 国际交流中心（北京市朝阳区东土城路13号金孔雀大厦922室）
中信旅游集团有限公司（北京市朝阳区建外大街19号国际大厦2号楼7层）
北京外企晨光劳务服务有限责任公司（北京市朝阳区西大望路15号外企大厦B座7层702室）
中国教育部留学服务中心（北京市海淀区北四环西路56号辉煌时代大厦6层）
北京市人民政府外事办公室出入境人员服务中心（北京市东城区青龙胡同1号歌华大厦A座2层）
中国对外友好合作服务中心（北京市东城区台基厂大街1号）
北京神舟方舟国际会议展览有限公司（北京市朝阳区建国门外大街28号北京旅游大厦6F606室）
北京二十一世纪国际旅行社（北京市朝阳区亮马桥路40号）
中国交远国际经济技术合作公司（北京市东城区朝内大街223号621室）
交通公社新纪元国际旅行社有限公司（北京市朝阳区光华路4号梅地亚中心C座2105室）
北京凯撒国际旅行社有限责任公司（北京市朝阳区金桐西路10号远洋光华国际AB座11-12层）
北京麒麟旅行社有限公司（ 北京市东城区东直门南大街9号华普花园B座1201室）
北京翔升国际商务旅行社有限公司（北京市东城区东直门外大街46号天恒大厦B座9层901-905室）
