影响消毒药物消毒效果的因素主要有以下几个方面：
（1）搭配不科学合理及浓度不合适
良好的配方能显著提高消毒的效果，例如，季铵盐类消毒剂用70%乙醇配制比用水配制穿透力更强，杀菌效果更好；戊二醛和环氧乙烷联合应用，二者具有协同效应，可提高消毒效力；另外，使用具有杀菌作用的溶剂，例如甲醇、丙二醇等配制消毒液时，常可增强消毒效果。当然消毒药之间也会产生拮抗作用，如酚类（石炭酸、复合酚等）不宜与碱类消毒剂混合，阳离子表面活性剂不宜与阴离子表面活性剂（肥皂等）及碱类物质混合，因此消毒药不能随意混合使用。
（2）温度、酸碱度（pH）等外界环境因素对消毒剂的效果也有影响
消毒现场通常会遇到各种有机物，如分泌物、脓液、饲料残渣及粪便等，这些有机物的存在不仅能阻碍消毒药直接与病原微生物接触，还能中和并吸附部分药物，使消毒作用减弱。因此在消毒药物使用前，应进行充分的机械性清扫，清除消毒物品表面的有机物，使消毒药能够充分发挥作用。不同的消毒剂受有机物影响程度也有所不同，氯制剂消毒效果降低幅度大，季铵盐类、过氧化物类等消毒作用降低明显，戊二醛类及碘伏类消毒剂受有机物影响较小。
（3）消毒的作用时间
一般情况下，消毒剂与微生物接触后，要经过一定时间后才能杀死病原，所以消毒后不要很快进行清扫。作用时间若太短，往往会达不到消毒的目的。另外畜群进行饮水免疫时不能进行饮水消毒和饮水工具的消毒。
