复旦大学是中国首批设立博士后流动站单位之一，拥有哲学、经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等11个学科门类，拥有一级学科博士学位授权点35个，一级学科硕士学位授权点41个，博士专业学位授权点2个，硕士专业学位授权点27个，博士后科研流动站35个。有一级学科国家重点学科11个，二级学科国家重点学科19个，国家重点（培育）学科3个，上海市重点学科20个，上海市医学重点学科9个。
在2012年全国学科评估中，复旦有12个学科位列全国前3，18个学科位列全国前5。截至2015年11月，17个学科进入ESI全球前1%，其中，化学 、材料科学和临床医学入榜全球前1‰，处于世界领先水平。
博士后科研流动站：哲学、理论经济学、应用经济学、政治学、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、考古学、中国史、世界史、法学、社会学、马克思主义理论、数学、物理学、化学、生物学、生态学、统计学、力学、材料科学与工程、电子科学与技术、计算机科学与技术、软件工程、管理科学与工程、工商管理、材料科学与工程、环境科学与工程、生物医学工程、基础医学、公共卫生与预防医学、公共管理、药学、中西医结合、临床医学、护理学。
一级学科博士学位授权点：哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、马克思主义理论、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、生物学、生态学、统计学、光学工程、电子科学技术、材料科学与工程、计算机科学与技术、环境科学与工程、生物医学工程、软件工程、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、护理学、管理科学与工程、工商管理、公共管理。
一级学科硕士学位授权点：教育学、心理学、力学、信息与通信工程、戏剧与影视学、航空宇航科学与技术、哲学、理论经济学、应用经济学、法学、政治学、社会学、马克思主义理论、中国语言文学、外国语言文学、新闻传播学、考古学、中国史、世界史、数学、物理学、化学、生物学、生态学、统计学、光学工程、电子科学技术、材料科学与工程、计算机科学与技术、环境科学与工程、生物医学工程、软件工程、基础医学、临床医学、公共卫生与预防医学、中西医结合、药学、护理学、管理科学与工程、工商管理、公共管理。
博士专业学位授权点：工程博士、临床医学博士。
硕士专业学位授权点：金融、应用统计、税务、国际商务、保险、资产评估、法律、社会工作、教育、汉语国际教育、应用心理、翻译、新闻与传播、出版、文物与博物馆、工程、临床医学、口腔医学、公共卫生、护理、药学、高级管理人员工商管理、公共管理、会计、旅游管理、图书情报、艺术。
世界一流学科建设学科：哲学、政治学、中国语言文学、中国史、数学、物理学、化学、生物学、生态学、材料科学与工程、环境科学与工程、基础医学、临床医学、中西医结合、药学、机械及航空航天和制造工程、现代语言学。
