目前对转基因食品的检测按原理主要分为针对外源蛋白质和针对外源DNA两种鉴定技术。
外源蛋白质的测定
即从蛋白质水平对转基因食品进行检测，实际应用中主要采用的是免疫学检测法，即Western杂交、酶联免疫吸附法(ELISA)和试纸条法。免疫学检测法可以检测具有抗原性的蛋白质类表达产物的存在，它是通过抗原抗体特异反应来实现的。
Western杂交 Western杂交是将蛋白质电泳、印迹、免疫测定融为一体的特异蛋白质检测方法，具有很高的灵敏性，可以从植物细胞总蛋白中检测出50ng的特异蛋白。Western杂交检测的关键是抗体的制备。
酶联免疫吸附法 ELISA建立了固-液抗原抗体反应体系，并采用酶标记，抗体与抗原的结合通过酶反应来检测。由于酶的放大作用，使测定的灵敏度极高，可检测出1pg的目标物，同时酶反应还具有很强的特异性。它的检测原理和过程基本与Western杂交检测相似。
试纸条法 此法是在最近15年发展起来的，之前主要用于医学领域。与ELISA相似，这种测定方法是将特异的抗体交联到试纸条上和有颜色的物质上，当纸上抗体和特异抗原结合后，再和带有颜色的特异抗体进行反应，就形成了带有颜色的三明治结构，并且固定在试纸条上，如果没有抗原，则没有颜色。因此整个操作相对简单一些。目前市场上也出现了一些此类测试的试纸盒。
外源蛋白质检测法快速，具有一定的灵敏度，也能进行半定量，尤其是试纸条法，不需要特殊的仪器设备，适用于现场检验或初筛。但外源蛋白质检测法有三方面的局限性：(1)由于抗原抗体反应的专一性，每种转基因产品都要开发和建立专门的检测试剂和方法，而转基因产品种类繁多，要建立所有转基因产品的蛋白质检测法工作量很大;(2)对于加工过的转基因食品，其蛋白质很容易被破坏，从而影响检测结果的准确行;(3)有些插入基因还具有表达部位特异性，这些金银的表达并不像DNA那样存在转基因作物的任何部位，甚至有的转基因产品的插入基因根本不表达或表达量很低。这些都会影响检测结果。
外源DNA的检测
目前对于外源基因的检测主要是通过对转入的外源基因进行PCR扩增，然后进行紫外或荧光检测。PCR技术全称“聚合酶链反应技术”，是一种在体外由引物引导的DNA聚合酶催化的聚合反应，能在短时间内准确地将目的序列大量复制。在转基因食品检测方面，主要是用于从DNA即基因水平来鉴定被测食品。由于它的快速、灵敏、费用低、检测仅需微量的DNA并且可以同时检测多个样品，正成为这一领域日趋成熟的方法之一。
定性PCR 转基因食品重组DNA的基本机构包括启动子、目的基因、终止子和标记基因。由于目的基因种类繁多，所以先用转基因食品最常用的转录启动子CaMV35S、转录终止子NOS及抗生素抗体基因NPTII三个序列来设计引物进行PCR反应，对结果阳性者可再检测目的基因。
定量PCR PCR反应具有高度特异性和敏感性，但对实验技术的要求很高，其结果易受许多因素的干扰而产生误差，一般PCR只用作转基因食品的定性筛选检测。针对所存在的问题，研究人员在实验设计中引入内部参照反应，以消除检测时的干扰，并与已知含量的序列GMO标准样的PCR结果进行比较，从而可以半定量地检测待测样品的GMO含量。
近年来定量竞争PCR和实时荧光定量PCR都已用于转基因食品的定量检测。竞争性定量的基本原理是用人工设计的竞争模板以不同稀释度与标本共同扩增，以竞争模板的稀释度和结果做标准曲线，判断标本中待测核酸的量。
实时荧光PCR技术是指在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时检测整个PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量的方法。这种检测方法采用独特全封闭反应，只须在加样时打开一次盖子，减少了污染，具有高度的灵敏性。
PCR-ELISA 这是一种将PCR的高效性与ELISA高特异性结合在一起的检测方法，它利用地高辛或生物素等标记引物，将PCR扩增产物与固相板上特异的探针结合，再加入抗地高辛或生物素的酶标抗体-辣根过氧化物酶结合物，最后使底物显色，在酶标仪上读取数值。利用PCR-ELISA法对转基因大豆检测，灵敏度比欧盟推荐的PCR方法高5-10倍。它快速方便，避免了有毒物质EB的使用，适合大批量自动检测。
