（1）培养方向不同
根据我国的有关规定，普通硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；而专业硕士是具有职业背景的硕士学位，为培养特定职业高层次专门人才而设置。
（2）考试难度不同
英语课程部分：专硕大部分考英语二，难度较低；考试分数一般专硕比学硕低。
（3）导师制度不同
专业硕士有两个导师，一个是学术理论指导导师，一个是实践活动指导导师，学术硕士只有前者学术理论指导导师。
（4）学费不同
普通硕士按国家规定享受免学费待遇，或者奖学金制度。2014年后国家取消免学费待遇，但奖学金覆盖面比较广，即使收费，学费一般不高于8000元/年，还可以通过申请国家助学贷款或者商业贷款缓解学费压力。
专业硕士学费较贵，按照不同专业类别差别较大。例如，MBA的学费要十几甚至几十万元，而其他专业硕士的学费一般为每年一万到十几万不等，专业硕士学位一般不能申请国家助学贷款，但也有一定的奖学金制度。
（5）学习方式不同
学术硕士是全日制学习，一般学制为3年；专业硕士全日制学习一般为2-3年，半脱产学习一般为3年。
（6）招生条件不同
学术硕士一般没有工作年限的要求，专业硕士中的工商管理硕士、公共管理硕士、工程管理硕士、旅游管理硕士、工程硕士中的项目管理、教育硕士中的教育管理、体育硕士中的竞赛组织以及单独设置考试，都有相应工作年限的要求。一般专科要求5年，本科要求3年，硕士要求2年。
（7）调剂范围不同
学硕可以调剂到专业硕士，但是专硕不能调到学硕（医学除外）
（8）招生比例不同
国家教育部要求在2020年学硕与专硕的比例达到3:7
（9）读博方式不同
学硕可以申请直博，而专硕读博需要经过考试
（10）专业设置不同
学硕分为13大门类，而专硕只有40个类别
（11）学位论文不同
论文难度不同，学硕论文相对较难一些，比如有的学校要求发表公开论文。专硕论文贴近实践课程，更重视接近社会某个具体东西。相对会简单一点。
