中国科学院院士和中国工程院院士还是有很大区别的，他们从事的领域不同，自然研究的东西也就不同。中国工程院主要研究自然科学，中国科学院主要研究的是社会科学。科学院偏向于科学研究，工程院则偏向于工程技术，就像如今推行的教育改革一样，一个是注重培养学术型人才，另一个则是注重技术技能型人才。
科学院是个科研机构，中国工程院则不是，其成立的目的就是为了管理分散在全国各地、各个不同单位的工程院院士。两者之间最突出的不同在于：中科院院士的成长，主要靠重点综合大学和大师的熏陶；而工程院院士的成长，主要靠重点理工科大学和大量的工程技术实践而成为一名杰出的科学家或技术专家。
以中科院院士为代表的高级科学人才，是在科学技术领域作出系统的、创造性成就的人；而以工程院院士为代表的高级技术人才，是在工程技术方面作出重大的、创造性成就和贡献的专家。两者虽都是高级人才，但工作性质不同，成才的影响因素也可能不同。按研究领域分，一个是理科，一个是工科。
两者没有本质区别，没有谁好谁坏一说。而且两者是有重叠的部分，比如医学部分，基础医学的学者一般进入科学院，临床医学的那就是工程院了。中国科学院院士和中国工程院院士一样，都是每两年增选一次，而且年份相同，都是基数年。
