1．事业单位内部控制规范建设滞后
在改革进程中，企业作为经济领域的细胞，较早开始进行改革，财务管理制度和控制规范作为企业管理的重要组成部分，逐渐与国际接轨，逐步规范和完善起来。相比较而言，众多事业单位，尚缺乏具有可参考操作的具体内部控制制度，缺乏可操作性的监督制约措施。客观上环境不够充分，从单位的领导到员工都欠缺对内部控制制度的认识，更谈不上要求去设计和建设一套完整的内部控制体系，即使建设了一套内部控制体系，也缺乏相应的认识和能力去执行内部控制制度。
2．事业单位内部控制环境存在薄弱环节
（1）内部控制意识相对薄弱
相当一部分事业单位缺乏内部控制理念，内控意识淡薄，重事业发展，轻内部控制。在建立内部控制中存在误区，认为事业单位经济业务简单，运转环节少，抱着无所谓的态度，简单地将财政的部门预算控制等同于内部控制，尚未建立起健全有效的内控制度。有的单位只注重制度的制定，忽略了其执行情况和执行效果，导致内控制度的制定走过场。
（2）岗位设置不合理
由于事业单位经济业务较为简单，人员较少，岗位安排不尽合理，许多单位存在一人多岗、不相容岗位兼职现象。记账人员与经济业务事项和会计事项的审批人、经办人员、财物保管人员没有很好的分离制约，存在出纳兼复核、采购兼保管等现象，出现管理漏洞。规模较小的单位，会计、出纳、资产管理等不相容职务均由一人担任，内部审计制度则根本没有。
（3）会计专业化人才队伍建设薄弱
建国以来，我国很多事业单位都因承担着某一专业领域的技术工作而设立，进而发展壮大。这些事业单位在人才的引进、培养方面，尤其重视这一技术领域，而忽视了对财会等“辅助”岗位的专业人员的培养。不少单位的财会人员，都是由其他技术人员转岗而来的，会计业务素质较低，缺乏对违法违纪行为的辨能力，在执行会计制度、法规的过程中很容易出现偏差和错误，从而造成不应有的损失。
3．内部控制执行不力，制衡机制“失灵”
事业单位不同于企业法人管理结构，其内部控制制度实际上是“授权监督”机制，而这种授权机制很容易造成内控制度失效。很多事业单位实际上从事的工作是政府行政管理职能的延伸，以提供某方面社会公共服务为其主要职责。在社会公众对行政事业单位的监督作用极其微小的状况下，个别事业单位很容易造成“公众利益部门化，部门利益个人化”，倘若事业单位对部门利益和个人利益的追求偏离了公共服务这一公共机构的基本价值，内部控制自然也是形同虚设。众所周知，事业单位会计监督人员受单位领导管理，其行为必然受控于管理层，反映管理层的意图和目的，体现管理层的意志，领导层往往凌驾于内控之上，致使内部控制监督“名存实亡”。
