印度河水系的主要河流以融雪为源。流量在一年中的不同时期迥然有异∶冬季（12～2月）流量最低，春季和初夏（3～6月）水位上升，雨季（7～9月）洪水出现，偶有蹂躏性暴洪。印度河及其支流所有的水都是在其流域上游山区获得的。所以，它们在流出山麓时流量最大，在平原上几乎没有地表水流汇入，倒是由于蒸发和渗漏而大量失水。另一方面，在雨季之后时期，渗漏也可增加一些水。在印度河主流中，水位从12月中旬至2月中旬最低。此后河水开始上涨，最初缓慢，而在3月底较为迅速。高水位通常出如今7月中旬至8月中旬。此后河水急遽下降，直至10月初，水位开始较为平缓地减退。印度河年水量约1，440亿立方码－－略多于印度河水系总水量的一半。杰赫勒姆河与杰纳布河合计水量约为1/4；拉维河、贝阿斯河与苏特莱杰河合计水量构成水系总水量的其馀部分。大量的地理与历史证据表明，自文明发端以来－－至少从4，000年以前的摩亨约-达罗（Mohenjo-daro）时代以来－－印度河从南旁遮普至海滨一段一直在改道。
印度河地表径流一部分来自高山融雪，一部分来自季风降雨，前者变化较少，后者随气候而变化，但年径流量的变化也不大，据1940－1975年的统计，印度河（不包括萨特莱杰河）的年衽流量，以1959－1960年最大，达2297．20亿立方米，以1974－1975年最小，为1184，64亿立方米。径流的年内变化较大，4～9月的雨季平均水量占全年的84%。
据1924－1978年实测资料统计，印度河干支流发生了多次洪水，其最大洪峰流量为：1955年萨特莱杰河洪峰流量16891立方米/秒，其支流比阿斯河最大洪峰流量14160立方米/秒。1955年拉维河，洪峰流量19244立方米/秒；1957年杰纳布河玛沙拉站洪峰流量31120立方米/秒；1929年杰赫勒姆河曼格拉站洪峰流量31120立方米/秒；1942年印度河上游洪峰流量23122立方米/秒；1973年杰纳布河洪峰流量28300立方米/秒，印度河下游洪峰流量30500立方米/秒，巴基斯坦淹地360万公顷，受灾人口800万。1976年印度河下游，苏库尔站洪峰流量33988立方米/秒，相当于50年一遇洪水。1976年洪水淹没了809万公顷土地，冲毁房屋1000万间以上，死亡425人。
