办公室：主要负责机关政务工作；负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、信访、议案、建议、提案、保密、外事、接待联络、政府信息公开等工作；承担机关重要事项的组织、督查和督办工作；负责重要文稿的起草工作；负责所办医院院务公开工作。
组织与人力资源管理处：主要负责所办医院领导班子建设和干部管理工作，推进医院干部人事制度改革工作；按照干部管理权限，负责医院领导班子设备、任免、交流和培养工作；负责机关及医院的人事管理工作；负责医院专业技术人员的职称管理和改革工作；负责建立医院绩效考核评价体系，对医院负责人进行年度和任期考核；承担医院监事会的日常管理和服务工作，拟订医院监事会工作制度、方案和计划并组织实施。
改革发展处：主要负责所办医院管理体制和运行机制改革，建立法人治理结构和现代医院管理制度；建立院长任免资格制度，推进院长职业化；负责落实优化资源配置、完善医疗服务体系、加强品牌建设工作；推进医疗、康复、护理分类管理，推进分级就诊；组织拟订医院发展规划并组织实施；负责医院固定资产投资管理工作；负责医院新建、扩建、搬迁、改造等基本建设工作。
基础运行处：主要负责所办医院秩序、效率、环境、安全、文化、满意度等基础工作和医院的运行工作；负责提高医院服务质量和工作效率，实行规范化、专业化、精细化管理；组织落实预约挂号、专家门诊出诊、医师多点执业、节假日门诊等工作；负责医院医疗纠纷处理和公共关系危机处置。
医疗护理处：主要负责所办医院的医疗、护理、医技管理工作；组织医院落实医疗、护理技术与服务的标准、规范，加强医疗质量安全和医疗风险管理；负责医务人员依法执业和医师定期考核工作；负责医院护理质量与服务状况的监测与评价；负责优化医生执业和护士工作环境，保障合法权益；组织医院承担公共卫生服务和突发公共卫生事件的医疗救护；参与相关行业规划和标准的研究拟订。
药事处：主要负责组织所办医院合理安全用药，对采购、储存、使用药品进行科学管理；负责医院大型医用设备运行质量、配置工作和药品、医疗器械集中采购工作；负责医院药物不良反应和医疗器械不良事件的监测和处理工作；参与相关行业规划和标准的研究拟订。
科研学科教育处：主要负责所办医院人才遴选、培养等人才队伍建设工作；负责医院重点学科建设工作；负责医院重大科研布局、项目申请落实工作；负责医院科技成果推广应用工作；负责医院职工教育培训工作；负责医院技术、人才外援和对口支援工作。
财务与资产管理处：主要负责所办医院编报部门预决算和资产使用管理工作；负责机关财务管理工作；负责医院财务、资产、成本、融资、债务等管理工作；拟订重大资产决策责任追究办法并组织实施；负责对医院决算和财务收支情况进行审计监督；对医院国有资产保值增效情况进行评价；负责对医院经济活动进行专项审计，对医院负责人进行经济责任审计；指导医院的内部审计工作。
党群处：主要负责机关及所办医院的党建、宣传、统战、精神文明建设和工青妇工作；负责机关及医院离退休人员的管理与服务工作；负责对外交流和协调工作。
监察处：主要负责机关推进依法行政综合工作；起草卫生方面的地方性法规草案、政府规章草案；承担行政复议和应诉的有关工作；承担机关行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作；组织开展本市消费环节食品安全监督管理和卫生执法监督工作；组织开展整顿和规范医疗服务市场工作，组织打击非法行医，督查督办重大违法案件。
