香格里拉县城海拔3200米，平均海拔3280米（海拔3000米以上时念唤，有关疾病患者有高原反应:瞌睡，哈欠，呼吸不畅，头脑稍昏痛。）
香格里拉地处青藏高原东南缘横断山脉三江纵谷区东部，沙鲁里培高慧山脉由四川甘孜入县境，分两支将县境东西两侧包围，金沙江从土照壁进入县境，南流至金江乡撒苏碧与丽江石鼓之间，突转向东北，至洛吉吉函流入四川坪子了境，将县境南部包围。香格里拉成为两头窄，中间宽，“雪山为城，金沙为池”的雄伟太势。县境地形总趋势西北高、东南低，最高点巴拉格宗海拔5545米，最低点洛吉吉函海拔1503米，配答海拔高差4042米，平均海拔3459米，县境地貌按形态可分为山地、高原、盆地、河谷。
