不仅影响很大，对其它电池的寿命也影响很大。
1、放电：容量不同的电瓶，放电时，总会有一个先放完电，而另一个仍然电压较高，这时，即使有像电瓶车控制器一样的低压保护功能，也无法及时进行保护，
2、电瓶亏电：电瓶电压低于额定电压10%以下，就会有亏电的风险，而电瓶一旦亏电，其寿命缩短80%，
3、充电：容量不同的电瓶，充电时，总会有一个先充满电，而另一个仍然电压较低，这时，充电器会继续保持充电，已经充满的电瓶存在过充电的风险，
4、电瓶过充：电瓶过充电，将打破化学平衡，并伴随水的电解，同样会损坏电瓶，
5、充电原理：四段式充电是目前充电器的主流，电瓶电量低时采用恒流充方式，即在恒定电流下充电，此时，控制电路消耗的电能与充电相比占比较小，当电瓶电压达到一定值时，转为恒压充电方式，此时，与（某些充电机）固定电压充电方式一致了，随着电瓶电压的上升，充电电流逐步减少，直到充电电压与电瓶电压相当，此过程中，控制电路的消耗占比是逐渐变大的，所以，就有了四段式、五段式……，就是为了减少无谓的消耗，在恒压充电过程中，再进行恒流充（分段越多，效率越高，控制越复杂），当充电电压与电瓶电压相当时，进入所谓“渭流”充，此过程对充实电瓶较为重要，但是，电效率也是最低的。
综上所述，容量不一样的电瓶是不能串联使用的，除非你在充、放电过程中，人为干预，随时测量电瓶电压，并能及时处置。
