中国有两个城市有特区旗，分别是香港和澳门。区旗分别是：香港特别行政区区旗和澳门特别行政区区旗。
中华人民共和国香港特别行政区区旗（英语：Regional Flag of the Hong Kong Special Administrative Region of the People's Republic of China），于1997年7月1日的香港主权移交典礼上首次飘扬，并取代港英时代的香港旗成为香港的旗帜。区旗中央有一个五星花蕊的白色洋紫荆图案（洋紫荆是香港的象征），底色以中华人民共和国国旗的红色为标准。
香港区旗的设计于1990年2月16日定案，4月4日在中华人民共和国第七届全国人民代表大会第三次会议中通过。1996年8月10日，香港特别行政区筹备委员会通过使用暂行办法。
中华人民共和国香港特别行政区区旗是五星花蕊的动态紫荆花红旗。红色底色，旗中有一朵白色洋紫荆花。洋紫荆花是香港区花，代表香港。红色底色与中华人民共和国国旗的底色一样，代表祖国，象征香港特别行政区为中华人民共和国的一部分。花中的五星与中华人民共和国国旗上的五星相对应。区旗用红白两色作主色象征香港实践一国两制，故洋紫荆图案被改成白色。
中华人民共和国澳门特别行政区区旗（葡萄牙语：Bandeira regional da Região Administrativa Especial de Macau da República Popular da China；英语：Regional Flag of the Macao Special Administrative Region of the People's Republic of China）是绘有五星、莲花、大桥、海水图案的绿色旗帜。其长和宽之比为3：2。图案的含义是：五颗呈弧形排列的五角星，象征着国家的统一，象征着中华人民共和国恢复对澳门行使主权，澳门是祖国不可分割的一部分；含苞待放的莲花是澳门居民喜爱的花种，既与澳门古称“莲岛”，旧称的“莲花地”、“莲花茎”、“莲峰山”相关，又寓意澳门将来的兴旺发展；三个花瓣表示澳门由澳门半岛和氹仔、路环两附属岛屿组成；大桥、海水反映着澳门自然环境的特点。底色象征着和平与安宁，寓意澳门四周是中国的领海。澳门特别行政区区旗的设计者是澳门区旗、区徽设计最高奖获得者、河南大学艺术学院副院长肖红教授和区旗设计二等奖获得者张磊。
