1、发放证书的单位不同
执业助理医师资格证书由国家卫生部发放，全国内通用。
乡村医生资格证书是通过所在省或市级单位考试后发放的，只能在当地使用，属于地方性证书。‘
2、有效时间不同
乡村医生执业证书有效期为5年，乡村医生执业证书有效期满需要继续执业的，应当在有效期满前3个月申请再注册。持有乡村医生执业证书的医生至少每2年接受一次培训，参加一次考核。
执业助理医师资格证需要两年一审。
扩展资料：
国家实行乡村医生执业注册制度，乡村医生执业注册工作由县级人民政府卫生行政主管部门负责。按照这一条例规定，在条例公布之日起凡进入村医疗卫生机构从事预防、保健和医疗服务的人员，应当具备执业医师资格或者执业助理医师资格。
不具备这一条件的地区，根据实际需要，可以允许具有中等医学专业学历的人员，或者经培训达到中等医学专业水平的其他人员申请执业注册，进入村医疗卫生机构执业。具体办法由省、自治区、直辖市人民政府制定。
条例规定，未经注册在村医疗卫生机构从事医疗活动的，由县级以上地方人民政府卫生行政主管部门予以取缔，没收其违法所得以及药品、医疗器械，违法所得5000元以上的，并处违法所得1倍以上3倍以下的罚款；没有违法所得或者违法所得不足5000元的，并处1000元以上3000元以下的罚款；造成患者人身损害的，依法承担民事赔偿责任；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
参考资料来源：百度百科-乡村医生从业管理条例
参考资料来源：百度百科-执业助理医师
