1、传染源不同
真菌病的传染源一般是患有真菌病的种母兔进行传染(内传染)，即种母兔传染给仔兔，继而扩大感染面；螨虫病一般是幼兔以上的兔子,发生一只螨虫病的兔子就会进行传染。
2、传染阶段不同
没有断奶的仔兔就开始发病的是真菌，螨病一般在幼兔以后才开始传染。
3、传染程度不同
可以感染饲养人员的是真菌，也称为人畜共患；而螨病是不传染人的。
4、表现时期不同
真菌病到青年兔期间，病菌基本都是处于潜伏状态，而螨病在这个时期正是表现时期。
5、病症表现不同
（1）真菌性皮肤病的患处一般是椭圆或圆形的，与健康皮肤界限明显。螨虫的患处没有规则的形状，与健康皮肤的界限也不十分明显。
（2）真菌的患部表层一般覆盖有疏松干燥的浅灰色痂皮，容易剥离，剥后皮肤光滑，久了就形成大面积的癣班，皮肤不增厚。螨虫的患处皮肤增厚，形成皱襞，容易感染，溃烂，有些还可能化脓，恶臭。
（3）真菌的皮肤痂皮下继发细菌感染后形成小脓肿，去掉痂皮后损伤的皮肤呈蜂窝样，有许多渗出孔；螨虫的皮肤形成小结节后，变成水泡，破后有黄色油状粘稠物渗出，干燥后形成鱼鳞痂皮，去除痂皮后皮肤鲜红湿润有出血现象。
