有冲突的。随着国家高校招生体制改革，高校招生录取中以及取消各类中专层次的学校招生资质，各类中专学校已经基本上发展升格为大专职业技术院校；而仍有部分中专学校由于办学规模和改制政策等因素，依然保留部分中专层次学校招生资质和教育培养具备职业技术中等专业学历水平的技术人才，中专主要针对初中毕业生招生，其学历水平与高中教育学历同等。
问题中学生已经拥有高中学校的学籍，说明已经是高中在籍学生，不再同时拥有中专学校的学籍，也就是说不能有双重学籍档案，这是违反原则的。从问题描述可以推断学生原来在职业高中或者普通高中入学就读之时就已经由就读高中学校建立了高中学校学籍，并且由学校教务处按照规定为每位在籍学生按照个人身份证信息分配一个学籍号，学生拥有的这个学籍号是学生在接受该阶段学历教育的唯一学号，该阶段绝对不能在拥有其它的学籍号码，这个学籍号是学生在高中学校就读的“身份证证号”，学生各类学业性规模的考试以学籍号作为准考证号，直至学生毕业，毕业证书上也会印有学生的学籍号。
可以推断学生原来在普通高中或者职业高中就读，现在退学进入中专学校就读，在中专学校需要重新建立学籍，因为当前的中专学校的学历其实也和原来的高中学校的学历是同等学力的，所以学生在中专学校就读建立新的学籍档案就必须注销原来高中学校的学籍，每名学生不能同时拥有双重学籍档案，如果学生有双重学籍，会影响后续的对口升学，也会严重违反学籍档案建立原则的，学生必须先要去原来就读高中学校教务处，联系教务处工作人员开具退学证明，持证明去教育局学籍管理处让工作人员帮助注销高中学籍号，撤销高中学籍档案，彻底消除网上学籍痕迹，才能够在中专学校建立新的学籍。
再者，按照当前的高考报名政策和规定，无论是高中学校还是中专层次的学校在校毕业生，均可以在毕业之后参加高考报名工作，特别是中专学校的学生，其文化程度已经达到了高中学校毕业生的同等学历水平，学生毕业之后可以到户籍所在地教育局招生办进行高考报名，参加高考考取理想的院校；当前部分中专学校和个别大专院校建立学历教育合作关系，学生先在中专学校学习三年，接着进入大专院校学习两年，最后取得专科学历，颁发大专院校的全日制专科毕业证书，也就是人们常说的“五年一贯制”的学历教育。
总之，中专学校的学籍和高中学校的学籍有冲突，因为二者的学历水平相当，是等同对待的，中专学历与高中学历等同，每位学生不能同时拥有两个同等学历的学籍以及有两个同等学力的学籍号这是违反学籍原则的，需要学生先注销高中学校学籍方可建立中专学校的学籍；如果一个学生有两个学籍号，会严重影响后期的对口升学以及取得毕业证书。
