对于开出的作废发票，应该全部追回，在纳税申报时，抵减申报期的应纳税款。不能直接退税，只能抵减以后应该缴纳的税金。
对需要重新开票的，税务机关应同时进行新开票税额与原开票税额的清算，多退少补；对无需重新开票的，按有关规定退还增值税纳税人已缴的税款或抵顶下期正常申报税款。
对于作废电子发票，应将作废发票代码、号码等内容记录在纸质发票上，开票期后三个月内携带作废发票原件，向主管地方税务机关办理作废电子发票验销。逾期未验销作废电子发票，不能继续在线开票。
若遗失已开具发票（未交付款方），应立即在开票系统作废该电子发票，以书面形式报告向主管地方税务机关提交挂失报告并填写《遗失声明作废刊出登记表》，经税务机关审批后到具有全国报刊号的报纸上公告声明作废。
主管地方税务机关在大集中系统“作废电子发票验销”模块录入遗失发票印刷流水号，选择“遗失作废”，按发票管理有关规定进行发票违章处罚。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》：
第二十九条 除税务机关、税务人员以及经税务机关依照法律、行政法规委托的单位和人员外，任何单位和个人不得进行税款征收活动。
第三十条 扣缴义务人依照法律、行政法规的规定履行代扣、代收税款的义务。对法律、行政法规没有规定负有代扣、代收税款义务的单位和个人，税务机关不得要求其履行代扣、代收税款义务。
扣缴义务人依法履行代扣、代收税款义务时，纳税人不得拒绝。纳税人拒绝的，扣缴义务人应当及时报告税务机关处理。
税务机关按照规定付给扣缴义务人代扣、代收手续费。
扩展资料：
国家税务总局深圳市前海税务局的主要职责是：
（一）负责贯彻执行党的路线、方针、政策，加强党的全面领导，履行全面从严治党责任，负责党的建设和思想政治建设工作。
（二）负责贯彻执行税收、社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章和规范性文件，组织落实国家规定的税收优惠政策。
（三）负责参与拟定所辖区域内税收、社会保险费和有关非税收入中长期规划及年度目标预测，依法组织实施税收、社会保险费和有关非税收入预算目标。负责所辖区域内税收、社会保险费和有关非税收入的会统核算工作。组织开展收入分析预测。
（四）负责参与开展所辖区税收经济分析和税收政策效应分析，为深圳市税务局和区委、区政府提供决策参考。
（五）负责所辖区域内各项税收、社会保险费和有关非税收入征收管理。组织实施税（费）源监控和风险管理，加强大企业和自然人税收管理。
（六）负责组织实施本单位税收、社会保险费和有关非税收入服务体系建设。组织开展纳税服务、税收宣传工作，保护纳税人、缴费人合法权益。承担涉及税收、社会保险费和有关非税收入的行政处罚听证、行政复议和行政诉讼事项。
参考资料来源：百度百科-自然人税局
