国家自然科学基金间接费用是指依托单位在组织实施项目过程中发生的无法在直接费用中列支的相关费用，主要用于补偿依托单位为了项目研究提供的现有仪器设备及房屋，水、电、气、暖消耗，有关管理费用，以及绩效支出等。绩效支出是指依托单位为了提高科研工作的绩效安排的相关支出。
结合不同学科特点，间接费用一般按照不超过项目直接费用扣除设备购置费后的一定比例核定，并实行总额控制，具体比例如下：
（一）500万元及以下部分为20%；
（二）超过500万元至1000万元的部分为13%；
（三）超过1000万元的部分为10%。
绩效支出不超过直接费用扣除设备购置费后的5%。
间接费用核定应当与依托单位信用等级挂钩，具体管理规定另行制定。
间接费用由依托单位统一管理使用。
依托单位应当制定间接费用的管理办法，合规合理使用间接费用, 结合一线科研人员的实绩，公开、公正安排绩效支出,体现科研人员价值，充分发挥绩效支出的激励作用。
依托单位不得在核定的间接费用以外再以任何名义在项目资金中重复提取、列支相关费用。
拓展资料：
国家自然科学基金是20世纪80年代初，为推动我国科技体制改革，变革科研经费拨款方式，中国科学院89位院士（学部委员）致函党中央、国务院建议的。
随后，在邓小平同志的亲切关怀下，国务院于1986年2月14日批准成立国家自然科学基金委员会。自然科学基金坚持支持基础研究，逐渐形成和发展了由研究项目、人才项目和环境条件项目三大系列组成的资助格局。
三十多年来，自然科学基金在推动我国自然科学基础研究的发展，促进基础学科建设，发现、培养优秀科技人才等方面取得了巨大成绩。
参考资料：国家自然科学基金百度百科
