市招管办内设综合处、业务处、督查处、法规处和财务处：
综合处工作职责：负责招管办和中心政治思想、行政管理和综合协调与管理工作。
业务处工作职责：负责对中心各项招投标业务的协调工作，负责中心信息网络的建设和管理；负责进中心单位的协调和管理；负责中心的日常考核；负责组织业务培训。
督查处工作职责：负责各项招投标管理办法、制度执行情况的监督和检查；负责对各类招投标文件的审查；负责对进中心重大交易项目的现场监督；负责对中心交易监控系统的管理和使用；负责交易纠纷的协调和投诉的受理、调查和督办；负责对市场准入等有关制度和招投标责任追究制度执行的日常工作。
法规处工作职责：负责国家招投标法规政策的宣传工作；负责起草地方性招投标法规、规章和规范性等文件；负责市招管办专家库的管理以及专家的分类、抽取、评价等；负责各项交易管理办法的审查；负责招投标市场交易规则和流程的审查；参与制订招管办和中心的有关管理制度；配合督查处开展交易活动的督查工作；对各类行政处罚提出法律审查意见；组织重大处罚的听证工作；负责复议应诉工作；负责各类交易合同备案工作；负责执法人员业务培训和资格证件管理；指导县区行业执法工作
财务处工作职责：负责市招管办财务制度制定和财务管理工作；承办招投标中各类保证金的收付和服务费收取等工作。
合肥招标投标中心下设立四个业务部：
建设工程部：负责建设工程类项目的招投标业务操作；
政府采购部：负责政府采购类项目招投标业务操作；
产权交易部：负责国有、集体等各类市场主体产权转让业务操作；
土地交易部：负责国有土地资源出让业务操作。
