纳税人识别号是纳税人数据信息内外部交换共享的基础，应保持不变。对于已存在的纳税人识别号不必随国家行政区划代码的调整而调整。对于同一税务机关，如果本地区不同时期的行政区划代码不同，其所辖纳税人的纳税人识别号的前六位可以有不同的区划代码。对新开办企业可使用新的行政区划代码。
另外，有的企业由于是国、地税两局的共管户，可能拥有两个识别号，针对这种情况，文件中规定：国税局、地税局的共管户，如果拥有两个纳税人识别号，可由当地国税局、地税局双方协商确定其纳税人识别号的前六位编码。
对于以后数据信息采集的数据清分方法，文件中也给予了明确的规定：以后将采用主管税务机关的识别号做为数据清分的识别代码，所以文件中要求税务机关指导纳税人正确填写主管税务机关的代码，同时纳税人也应该注意将自己主管税务机关的代码填写正确。
