诈骗罪立案后，被告人主动还款，原告撤诉，如果检察院对案件的认定，认为不具备起诉条件的，可以做出不起诉决定，否则，如果犯罪事实清楚，证据确实充分，依法应当追究刑事责任的，即使主动还款，检察院也应当起诉。
人民检察院审查起诉案件，认为犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分，依法应当追究刑事责任的，应当作出起诉决定，按照法院审判管辖的规定，向人民法院提起公诉。认为不具备起诉条件的，应当作出不起诉决定。
根据法律规定，人民检察院对案件作出不起诉决定，主要有以下几种情况：
1、人民检察院经审查后认为没有犯罪事实或者依法不应追究刑事责任的，应当作出不起诉的决定。如行为人是精神病人或不满14周岁的未成年人，依照法律规定不能追究刑事责任。
2、人民检察院对于退回补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，可以作出不起诉决定。
3、犯罪嫌疑人有刑事诉讼法规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。刑事诉讼法第十五条规定了以下几种情形：第一，情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的。第二，犯罪已过追诉时效期限的。第三，经特赦令免除刑罚的。第四，犯罪嫌疑人、被告人死亡的。第五，其他法律规定免予追究刑事责任的。
4、对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。对这种情况，可以分为两个方面，一是犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚的。这主要是指犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚。另一种情况是，犯罪情节轻微，依照刑法规定应当或者可以免除处罚的，如犯罪后自首、有立功表现、犯罪未遂、犯罪中止、或属于正当防卫、紧急避险等等，刑法对这些情况分别都作了具体规定，其中有些可以免除处罚，有些应当免除处罚。
