武警交通二总队分别管辖以下5个支队即:
1 武警交通五支队
2 武警交通六支队
3 武警交通七支队
4 武警交通八支队
5 武警交通九支队
其驻地为：
武警交通二总队前身为军委工程兵第四工区(辖工建一三八团、工建一六一团、工建一六八团)，1975年12月，国务院、中央军委决定军委工程兵第四工区改编为基建工程兵第十二支队，1976年4月正式改编为基建工程兵第一一一大队、一一二大队、一一三大队，驻湖北当阳。现在总队部驻乌鲁木齐市火车西站。曾担负独库公路建设任务。军车牌号WJ27通xxxx
武警交通五支队
前身是军委工程兵第四工区工建一六一团，1974年开始天山独库公路建设。1976年改编为基建工程兵第十二支队第一一二大队。1985年1月1日改编为武警交通第五支队。先后在天山独库公路，新疆和田布雅公路，库尔勒大山口电站，西藏羊八井公路，秦岭山脉腹地接连打通了总长2655米的资峪岭、秦岭、马槽沟三条隧道，昆（明）石（林）高速公路等。
武警交通六支队
甘肃 安徽，支队部安徽合肥七里塘镇张洼路108号。前身是军委工程兵第四工区工建一六八团，1974年开始天山独库公路建设。1976年改编为基建工程兵第十二支队第一一三大队。1985年1月1日改编为武警交通第六支队。二总队六支队1000多名官兵在哈密戈壁荒漠苦战10年，牺牲8名战士，筑路3条，共长323公里。加速了新疆吐哈油田的开发。2001年9月，二总队六支队官兵走入定西重峦叠嶂的荒山秃岭之中，在海拔2400多米的摩云岭摆开战场。兰（州）临（洮）路全线竣工。2000年参加尹中高速公路，是甘肃航空港中川机场至兰州市的重要通道，也是甘肃省境内首条高速公路。
武警交通七支队
支队部驻地秦皇岛。分布在：华北、内蒙古呼盟。2001年底，二总队七支队挺进内蒙古呼伦贝尔草原深处，承担了国道111线新（林）扎（兰屯）段施工任务。前身47年8月1日冀晋军区4旅11团、47年11月19日北岳军区1纵3旅8团。49年66军198师593团。50年8月并入208师623团。61年5月25日内蒙古军区工兵138团。63年8月军委工程兵138团。1974年天山军委工程兵第四工区，1976年4月1日基建工程兵12支队111大队。80年1月基建工程兵111团。85年1月1日，武警交通二总队四支队。86年7月1日，武警交通部队秦皇岛建港指挥所。88年3月1日命名为武警交通二总队7支队。
武警交通八支队
武警交通二总队新藏公路指挥所改编，支队部驻泽普县。2001年来担负新藏公路养护保通任务，二大队四中队进驻普兰县偏远的霍尔乡。
武警交通九支队
由武警交通二总队大连建港指挥所改编，驻地大连。
