所属不同：三军仪仗队隶属于北京卫戍部队，是独立编制，可以自主征召士兵；国旗护卫队隶属于武警北京总队。
责任不同：三军仪仗队担负着迎送外国元首、政府首脑、军队高级将领的重大国事活动和仪仗司礼任务；国旗护卫队担负天安门每日升降国旗任务。
编制不同：三军仪仗队分为三种规格：151名、127名、101名；国旗护卫队人数为36人，每月1日和重大节日，62名武警军乐团队员在现场演奏国歌。
中国人民解放军陆海空三军仪仗队隶属于北京卫戍部队，与中国人民解放军军乐团、中国人民武装警察部队礼炮队等共同承担不同规格的司礼任务，主要担负迎送外国国家元首、政府首脑、军队高级将领及纪念、庆典等重大国事活动的仪仗司礼任务。
国旗护卫队是天安门广场上每天从事升降国旗工作和升旗台警卫工作的武装警察，隶属于中国人民武装警察部队北京市总队。
