案件从2018年11月12号就移交检察院了，但是到现在也没退回补充侦查，案件停留检察院快三个月

1.如果没有退补，也没有改变管辖，那确已超出法定期限。
根据《刑事诉讼法》第一百七十二条的规定，人民检察院对于监察机关、公安机关移送起诉的案件，应当在一个月以内作出决定，重大、复杂的案件，可以延长十五日。也就是说，审查起诉期限最长就是一个半月。但该条同时还规定，人民检察院审查起诉的案件，改变管辖的，从改变后的人民检察院收到案件之日起计算审查起诉期限。
2.最快最有效的办法是询问经办民警确定经办检察官，然后直接跟检察官联系询问案件具体情况。如果已经知晓经办检察官，直接询问即可。