不会被注销，留在部队依然属于服现役，学籍继续保留。
根据全国人民代表大会常务委员会关于修改《中华人民共和国兵役法》的决定：
第五十五条
现役军人入伍前已被普通高等学校录取或者是正在普通高等学校就学的学生，服役期间保留入学资格或者学籍，退出现役后两年内允许入学或者复学，并按照国家有关规定享受奖学金、助学金和减免学费等优待；
入学或者复学后参加国防生选拔、参加国家组织的农村基层服务项目人选选拔，以及毕业后参加军官人选选拔的，优先录取。
义务兵和服现役不满十二年的士官入伍前是机关、团体、企业事业单位工作人员或者职工的，服役期间保留人事关系或者劳动关系；退出现役后可以选择复职复工。
义务兵和士官服现役期间，入伍前依法取得的农村土地承包经营权，应当保留。
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两年义务兵，期满后如何继续留在部队吗？
如果义务兵服役两年后还想留在部队，有这三个办法。
一是考军校。当然军校不是随随便便就能考的，有个前提条件就是你要有高中文凭，当然也不限于高中文凭，高中及其以上的文化程度都行，但是最低就是你要有高中毕业证。
如果满足了这一条，而且你在服役的这段时间里各方面表现的都很不错，什么服从指挥，听从命令，团结战友，尊敬师长呀，你都做的很好，那么这个时候经过民主评议，还拥有了部队推荐，你就可以报考军校了
二是报考士官学校。那么士官学校和军校有什么区别呢？简单来说，士官学校的文凭限制没有军校那么严格，军校出来的很大可能就是干部，而士官学校出来的，就不是军官了。
但是士官学校也是很好的，一般考上士官学校后可以干满三期，三期退役后可以按国家政策安排工作，也就是说，如果你考上士官学校，即使以后不当兵了也不用担心工作，国家会帮你搞定。报考士官学校的前提和考军校差不多，也就是要求你不仅要认真完成各项任务，而且还要好好学习。
三是改选士官。如果不能做到考军校考士官学校，但是还是想就在部队那就只有这改选士官这一条路了。
但改选士官并不是这三种最容易的，相反，还挺难。
首先你要自己申请，表达出我有这个意愿。其次你要表现得很突出，至少要比大部分士兵都要好。
然后一系列程序就是民主评议三分之二通过，部队推荐，团以上单位审核批准。经过这些你才能改选为士官。
参考资料百度百科-中华人民共和国兵役法
