1、包含内容不同：
三证合一指的是工商营业执照、组织机构代码证和税务登记证。
五证合一指的是企业营业执照、组织机构代码证、税务登记证、社会保险登记证、统计登记证，“五证合一”变为加载统一社会信用代码的营业执照。
2、时间不同：
三证合一是在2015年10月1日起实施的，91开头的统一社会信用代码都是三证合一。
五证合一是在2016年10月后的“三证合一”的基础上进行的登记制度改革，并且在2017年12月31日前原证件照继续有效，直至2018年1月1日，一律统一使用加载统一社会信用代码的营业执照。
3、基本原则不同：
三证合一
①、兼容并蓄，降低成本。以当前基础较好、应用广泛的组织机构代码为基础，最大限度满足各部门管理需求，降低另建及改造成本，减轻社会负担。
②、统一标准，分步实施。制定统一代码制度建设相关标准，确定代码位数和构成。设立过渡期，实现现有各类机构代码逐步向统一代码过渡。
③、立足当前，着眼长远。以满足需求、便利管理为导向，制定适合当前各部门兼容使用的编码规则，为将来各部门之间信息共享和业务协同打好基础。
五证合一
①、标准统一规范。建立健全并严格执行企业登记、数据交换等方面的标准，确保全流程无缝对接、流畅运转、公开公正。
②、信息共享互认。强化相关部门间信息互联互通，实现企业基础信息的高效采集、有效归集和充分运用，以“数据网上行”让“企业少跑路”。
③、流程简化优化。简化整合办事环节，强化部门协同联动，加快业务流程再造，务求程序上简约、管理上精细、时限上明确。
④、服务便捷高效。拓展服务渠道，创新服务方式，推行全程电子化登记管理和线上线下一体化运行，让企业办事更方便、更快捷、更有效率。
参考资料来源：百度百科—五证合一
参考资料来源：百度百科—三证合一
