截至2014年底，东北地理所共有在职职工393人。其中专业技术人员319人，包括中国工程院院士 1人、研究员及正高级工程技术人员72人、副研究员及高级工程师技术人员87人；国家杰出青年科学基金获得者1人，中国科学院“百人计划”入选者18人。
中国工程院院士：刘兴土
国家杰出青年科学基金获得者：宋长春 中国科学院百人计划·于洪文·冯献忠·卜庆云·张斌·周道玮·袁晓辉·王光华·孔凡江吴东辉刘宝辉·梁正伟夏正俊 据2015年10月研究所官网显示，中国科学院东北地理与农业生态研究所共有4个研究中心，6个省部级重点实验室（3个中国科学院重点实验室，省级重点实验室3个），5个野外台站。
研究中心：湿地生态与环境、区域农业、遥感与地理信息、东北区域发展；
中国科学院重点实验室：中国科学院湿地生态与环境重点实验室、中国科学院黑土区农业生态重点实验室、中国科学院大豆分子设计育种重点实验室
省级重点实验室：吉林省碱地生态经济工程实验室、吉林省生态恢复与生态系统管理重点实验室（联合共建）、黑龙江省黑土生态重点实验室；
野外台站：黑龙江三江平原沼泽湿地生态系统国家野外科学观测研究站及东北湿地观测研究网络、黑龙江海伦农业生态系统国家野外科学观测研究站、中国科学院长春净月潭遥感实验站、大安碱地生态试验站、长岭草地农牧生态实验站。 国际合作 2011年11月29日至12月3日，美国路易斯安纳州立大学王法辉教授来所进行学术交流。
2011年10月9日-10月23日加拿大农业与农业食品部Neil McLaughlin博士和助手Stephen Burtt到该所进行了为期15天的访问和学术交流。
2010年8月9日-14日对位于哈巴罗夫斯克的俄罗斯科学院远东分院水与生态问题研究所（Institute for Water and Ecological Problems， Far Eastern Branch， Russian Academy of Sciences）进行了友好访问和学术交流活动。
据2015年10月研究所官网显示，研究所与德国马普学会化学研究所、俄罗斯太平洋地理研究所、日本地球环境综合国立研究所、日本北海道大学、日本作物研究所、澳大利亚联邦科工组织水土研究中心、韩国国家科学院地理研究所等分别签订了长期合作协议，在学术交流、合作研究及人才培养等多方面建立了稳定的合作机制。 院地合作 2012年3月13日，白城市副市长刘红霞率团来该所访问交流。
2010年8月，中国农业大学张福锁教授到海伦站进行学术访问。
2008年8月23日，浙江省农业科学院专家来该所探讨菜用大豆育种合作事宜。
此外，该所挂靠学术组织及学会有：中国科学院湿地研究中心、中国生态学会湿地生态专业委员会、吉林省地理学会、吉林省遥感学会、吉林省环境学会环境地学专业委员会、黑龙江省黑土资源保护与利用学会、世界黑土联合会。
