医院现有临床医技科室33个，儿内科、儿童保健、儿童康复、儿童重症医学、呼吸哮喘、呼吸介入、儿科医学研究所等十几个专业为省、市重点学科。围绕儿童健康权益需求，形成了以五大基地（国家住院医师规范化培训基地协同医院、国家级小儿麻醉培训基地、省博士后科技实践创新基地、山东省儿童眼保健培训基地、省级康复医学继续教育基地）为依托，两个所（济南市儿童保健所、济南市儿科医学研究所）为平台、七个中心（山东省残疾儿童康复技术指导中心、济南市儿童哮喘防治研究中心、济南儿童心脏病治疗中心、济南市儿童医学实验诊断中心、济南市急救中心儿童急救分中心、济南市儿童健康管理中心、济南市儿童呼吸病介入诊疗中心）为品牌、两个网络（济南市病原微生物实验室网络、济南市危重新生儿及婴幼儿转运网络）为优势的学科体系。
