根据基本法规定，香港特别行政区的自治权主要指行政管理权、立法权、独立的司法权和终审权。
在行政管理方面，除有权自行处理香港行政事务之外，自治权广及财政经济、工商贸易、交通运输、土地和自然资源的管理、教育科技、文化体育、社会治安、出入境管制等领域。其中突出的是，财政独立，财政收入不上缴，中央不在香港征税；自行决定货币金融政策；港币是法定货币，发行权属特别行政区。
在立法方面，特别行政区可在不违反基本法的条件下自行立法，继续实行不与基本法相抵触的原有法律。特别行政区制定的法律，只须向全国人大常委会备案；如果不符合基本法，也只是由人大常委会将有关法律发回，不作修改，退回即告失效，但没有溯及力。香港特别行政区还有独立的司法权和终审权。
1997年后，香港特别行政区的自治权，不仅比我国民族自治区大得多，也比联邦制国家的成员大得多。以美国为例，各州都没有像香港特别行政区这样享有自行决定和实行独立的经贸和关税政策、发行货币、财政独立、海关独立以及管理出入境等权力，更谈不上司法方面的终审权和许多涉外事务的处理权。
总之，不论在行政、经济领域，还是在立法、司法制度方面，世界上还没有哪一个国家的地方政府或哪一个联邦国家的成员，拥有香港特别行政区这么多、这么大的自治权力。
