从你的案例上面来看，公司想要起诉你朋友也有一定的困难，如果状告你朋友挪用公款，案件的性质就变成了刑事案件，也就是说，国家会介入这个案件，前期的侦查和调查取证工作由公安机关或检察院来作，公司只是予以配合，按照现在公司的情况，财务混乱，随意更改账目的话，公司是要承担责任的。同时，如果你朋友真的没有挪用公款的话，该公司也会涉嫌诬告陷害罪（大体来说就是捏造事实，足以让对方承担有期徒刑以上刑罚的行为就构成该罪）。
只要自己没有做违法的事情，不管哪个部门介入，会将事实查清，当前我国的司法制度日趋完善，对于证据的采信是公正客观的，不要恐慌，也不要影响自己的生活，要相信法律的公正。
