1、批准设立人员不同
村镇银行是指经中国银行保险业监督管理委员会依据有关法律、法规批准，由境内外金融机构、境内非金融机构企业法人、境内自然人出资，在农村地区设立的主要为当地农民、农业和农村经济发展提供金融服务的银行业金融机构。
农村信用合作社（英文名称Rural Credit Cooperatives，中文简称农村信用社、农信社）指经中国人民银行批准设立、由社员入股组成、实行民主管理、主要为社员提供金融服务的农村合作金融机构。
2、作用不同
村镇银行的建立，有效的填补了农村地区金融服务的空白，增加了农村地区的金融支持力度。农村信用社其主要任务是筹集农村闲散资金，为农业、农民和农村经济发展提供金融服务。
依照国家法律和金融政策规定，组织和调节农村基金，支持农业生产和农村综合发展，支持各种形式的合作经济和社员家庭经济，限制和打击高利贷。
扩展资料：
根据《村镇银行管理暂行规定》，村镇银行具备以下几个特点：
1、地域和准入门槛
村镇银行的一个重要特点就是机构设置在县、乡镇，根据《村镇银行管理暂行规定》，在地（市）设立的村镇银行，其注册资本不低于人民币5000万；在县（市）设立的村镇银行，其注册资本不得低于300万元人民币；在乡（镇）设立的村镇银行，其注册资本不得低于100万元人民币。
2、市场定位
村镇银行的市场定位主要在于两个方面：一是满足农户的小额贷款需求，二是服务当地中小型企业。为有效满足当地“三农”发展需要，确保村镇银行服务“三农”政策的贯彻实施。
在《村镇银行管理暂行规定》中明确要求村镇银行不得发放异地贷款，在缴纳存款准备金后其可用资金应全部投入当地农村发展建设，然后才可将富余资金投入其他方面。
3、治理结构
作为独立的企业法人，村镇银行根据现代企业的组织标准建立和设置组织构架，同时按照科学运行、有效治理的原则，村镇银行的管理结构是扁平化的，管理层次少、中间不易断开或时滞，决策链条短、反映速度相对较快，业务流程结构与农业产业的金融资金要求较为贴合。
4、发起人制度和产权结构
村镇银行的创新之处“发起人制度”是指银监会规定，必须有一家符合监管条件，管理规范、经营效益好的商业银行作为主要发起银行并且单一金融机构的股东持股比例不得低于20%，此外，单一非金融机构企业法人及其关联方持股比例不得超过10%。
后为了鼓励民间资本投资村镇银行，银监会于2012年5月出台《关于鼓励和引导民间资本进入银行业的实施意见》，将主发起行的最低持股比例降至15%，进一步促进了村镇银行多元化的产权结构。
早在50年代，人民银行在农村的网点就改为了农村信用社。农村信用社的宗旨是“农民在资金上互帮互助”，即农民组成信用合作社，社员出钱组成资本金，社员用钱可以贷款。但是这个信用合作社，从来都不是农民自愿组成的，而是官方一手操办的。
最初的信用社，大部分出资来自国家，农民的出资只占很少部分。50多年来信用社的体制虽然改了不知道多少次，但“官办”是一以贯之的。2004年左右，央行和地方政府曾拿出大量资金（央行就拿了1650亿）给信用社的亏空买单。所以说信用社的产权并不模糊，它的所有人就是政府。
县联社与单个信用社的关系，就相当于总行与支行的关系。一个县里有县联社，一开始县联社归农业银行管；1996年之后又归人民银行管；1999年之后人民银行又逐步组建了地（市）联社，县联社又归地（市）联社管。
2003年之后，人民银行退出，取消地（市）联社，把农村信用社的管理权交给省政府，省政府又成立了省联社，省联社管着县联社。到此为止，从经济和法律角度讲，每家县联社都相当于一家独立的银行（企业），实际所有人是省政府，省内的县联社共同入股，组建了省联社，所以省联社其实还是县联社的“儿子”。
参考资料来源：百度百科-村镇银行
参考资料来源：百度百科-农村信用合作社
