换水可分为部分换水和全部换水两种。
我们把定期少量抽去水族箱中的陈水，并加入等量新水的做法叫做部分换水，也叫“兑水”或“对水”。部分换水的用意是除掉水箱底部循环过滤系统难以处理的鱼粪和残饵等脏物，防止其影响水体，使水质迅速变坏。常见做法是用一根软管作为换水工具，一端插入水族箱底部，利用虹吸原理将沉在箱底的固态废物吸出。部分换水只随脏物抽去少量的水，然后用等量的新水补充。给仔鱼的水箱换水要很小心，软管要抵住箱底，让脏物从管口与箱底的缝隙中吸入，还可以一手扶软管，另一手用鱼捞将仔鱼从吸水管口赶开。只要操作合理，部分换水不会对水族箱中的原有理化状态造成大的变化。
换水的次数和量按照水族箱饲养鱼的种类、密度和对水质的要求而定。频繁换水可以更好地保持水的长时间清洁，但操作比较费事，对有些敏感的热带鱼也有一定的干扰；换水间隔时间长虽然减少对鱼的干扰，但不利于长时间保持水质良好，致使每次需要彻底清洁水族箱的周期缩短。
一般地说，当所养鱼的食量比较大、喜欢新水或养鱼密度高时，换水的间隔可以短一些；鱼的食量比较小、喜欢老水而养鱼密度不高时，每次换水的间隔时间可适当长一些。间隔时间短的换水，换水量小；间隔时间长的换水，换水量相应地要多一些。譬如在品种箱中饲养对水质要求高的热带鱼，可以每天都吸掉箱底的沉淀，由于每天清理，沉淀很少，因此每次需要抽掉和加进的水量微不足道，所以不会对整个水族箱带来性质上的改变；对水质要求普通的热带鱼可以每周换水一次，每次换水量不超过总水量的10%～15%，这样也不致对原水质带来太大的影响；对水质要求不高的热带鱼可以每隔2周左右换水一次，每次换水量不超过总水量的1/3，可以基本保证水质没有性质上的变化。总之，要根据水族箱不同的情况安排部分换水的次数和每次的换水量。
一旦换水的间隔确定，就要按照既定的周期操作，而不是根据水是否浑浊来任意决定何时换水。当然，如果临时出现水体突然变浑等非正常情况，可以及时增加换水的次数和换水量。
预计换水量比较多，加热棒可能露出水面时，在换水前要先关掉加热设备，等5分钟后再开始换水操作，加热棒须在被注回的新水淹没以后再重新开启。加热棒离水工作极易烧坏。除非加入的新水很少，否则不要把温度较低的新水直接倒入水族箱，那样会导致水箱中整体水温迅速下降，当水温差在短时间内超过2℃时，对有些敏感的热带鱼就可能造成伤害。可以仍用抽水的软管向水箱注水，注水软管应紧贴水箱后壁或角落，避免直冲鱼体。加热和循环过滤系统亦要适时开动，让新水和老水混合。
换水时可以换掉部分滤材，但不要更换全部的滤材，因为需要在滤材中保留部分硝化菌。过滤棉脏了以后可以清洗，最好不要直接放在自来水下冲刷，可以用换水抽出的陈水经沉淀后，取上层的澄清水进行清洗。
即使很规范地执行部分换水的操作，每年依然需要1～2次的彻底换水，养鱼者俗称“翻缸”。给水族箱进行这样的大扫除是为了除去利用了很久的水中可能存在的病原菌，也趁机清洗少量换水时无法清洗干净的底砂，生长了很长时间的水草也要在此时进行修根和疏叶操作。彻底换水相当于把鱼放进陌生的环境，处置不当容易伤鱼，因此事先要作细致的准备。
1）在换水的几天前准备一个容器，盛上酸碱度和软硬度与原水族箱的水质接近的水，水量最好相当于原水族箱的水量；
2）关掉并移走水族箱中所有电器（加热棒应在断电3分钟后取出），用一个大小合适，最好是不透明而有盖的容器盛上水族箱中的原水，把水族箱中的热带鱼小心捉到容器中，盖上盖子；
3）舀走水族箱中剩下的大部分水，暂时放在脸盆或桶中备用；
4）用手捧出底砂，先放在流动的水中淘洗干净，再经浓盐水浸泡几分钟，然后放入步骤3取出的水中备用。如果有其它装饰物，也作类似处理；
5）取出栽种的水草，对根和叶进行修剪；
6）抽尽水箱中的水，对水族箱进行彻底的清洗、除藻和消毒；
7）把步骤1准备的水加入水箱，捞出步骤4中处理好的底砂和装饰物，重新摆放到位；
8）种回经过修剪的水草；
9）装好并开启各种附属设备，确定一切指标正常；
10）将暂养的热带鱼小心捞回水族箱。
彻底换水通常选择在越冬之前，因为那时候正好是要对热带鱼进行清理精简的时机。大扫除确保水族箱在整个冬季都具有洁净的环境，使体质较弱的热带鱼免受疾病侵害。
